(一)感染
1、细菌性感染
胸部感染可由普通病原体，如肺炎球菌或流感嗜血杆菌、病毒引起，由革兰阴性病毒如克雷伯杆菌或类大肠杆菌引起的极为少见。葡萄球菌肺炎能使病情很快恶化，胸部X线可见有多数小脓肿形成，如病情不能及时控制，可以致命，虽用支持处理，如间歇性正压通气也无用。肺结核相对少见，但如病人以前感染过结核，由于免疫抑制药物治疗，可以引起复发，应特别注意，必要时可给以预防性治疗。星形卡诺菌是一种嗜酸性病原菌，能致局限性肺炎，常有报道该菌易致脑内脓肿。败血症相对少见，表现为高热、寒战。它常由革兰阳性细菌引起，如无有效治疗，病情发展迅速，出现衰竭症状，常需加强护理，应用呼吸机及升压措施，但很难恢复。另一暴发性感染常由顽固性梭状芽胞杆菌(Clostridium difficile)所致。此菌在结肠繁殖，引起伪膜性结肠炎，对衰竭病人常有生命威胁，似易发生于用广谱抗生素治疗后，现已明确此病还能由病人间互相传播。移植病人如住在原有感染病人住过的病床，可致发病。梭状芽胞杆菌也可由消毒不好的乙状结肠镜传染。万古霉素是治疗伪膜性肠炎的特效药。病人如疑为疑为细菌性感染而无药物敏感试验结果，可先选用第二代头孢菌素;如用氨基糖甙制剂，可选用庆大霉素，但要监测药物血浓度水平，以调整剂量，预防肾毒性损害。
2、真菌和原虫感染
口腔白色念珠菌感染较常见，局部应用制霉菌素有效。烟曲霉菌和组织胞浆真菌所致的肺部感染更为严重，隐球菌所致脑膜炎，这些感染用5-氟胞嘧啶(5-FC)或两性霉素B有效，但在治疗前应先明确致病菌。卡氏肺囊虫肺炎在原虫感染中比较常见，确诊需要做病理活检，可用甲氨苄氨嘧啶和甲基异恶唑合剂(Co-trimoxazole)治疗。弓形体原虫病，蓝氏贾第虫病引起的感染在移植患者都普有报道。
3、病毒感染
由于缺乏有效的抗病毒制剂，故处理病毒感染甚为困难。病毒感染可增加排斥发生，可能由于增加了移植器官的抗原性。
巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)： CMV感染是移植单位的一个常见问题，发病率差异很大，很多移植中心认为异体肾移植受者中CMV感染率超过70%，虽然大多数病例无症状，CMV可很严重，是死亡的一大原因。在CMV阴性的受肾者，如果供肾者或以前输血者都是CMV阴性者，其发病率可降低。发病常在移植后1个月，临床特点为发热和肺部感染症状，白细胞减少，血小板明显下降，诊断由血清试验CMV滴度增高，或分离出病毒而确定。CMV如波及膀胱可由尿中培养出病毒，亦可在活检标本中找到病毒，此种感染是自身限制性的，公需要足够的支持治疗，大多数病人可以恢复。然而在白细胞明显减少的病人中增加了机遇性感染的机会，可继发细菌、真菌的感染。在严重的病例中要停用免疫抑制治疗或放弃移植器官，以使病人有恢复的机会。其他致肺部感染的病毒包括流感、副流感和其他呼吸道敏感的病毒。