控制脑积水发生的关键是消除胎儿形成前的危险因素和胎儿期、围产期的构成因素。这对预防脑积水的发生有重要意义。
一、开展病因研究，消灭和改善遗传因素与环境因素
脑积水畸胎的病因较为复杂，迄今尚不十分清楚，但根据其流行病学分布特征和遗传学特点，提示本病是由遗传因素和环境因素共同作用所致的多因子疾病，有些病例通过家族调查提示，可能属于X伴性隐性遗传。
脑积水畸胎除与遗传因素有关外，自60年代以来，环境因素中的病毒(风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等)和弓形体原虫的宫内感染，已日益为人们所重视，感染对孕妇本身所致的症状虽较轻，但对胚胎的发育影响较大，可导致胎儿流产、死胎、死产和多种严重的先天性畸形，其中弓形虫感染，可致胎儿产生中脑导水管狭窄的脑积水畸胎。另外，早孕期接触放射线、放射元素、微机、手机等辐射因素与脑积水的形成有一定的关系。
可初步推测脑积水畸胎是由遗传因素和环境因素共同作用所致的多因子遗传性疾病。为了降低脑积水患儿发生率和提高人口健康素质，除应采取病因研究外，还应进行婚前检查，严禁近亲婚配，开展遗传咨询。
二、加强产前早期诊断及早终止妊娠，预防脑积水患儿的出生
脑积水患儿的产前早期诊断是预防脑积水患儿出生的重要途径。由于明显的脑积水在孕12～18周即可通过B超查出，所以要加强B超在产前诊断中的应用，及早终止妊娠，预防脑积水患儿的出生，降低先天性脑积水的出生率。
三、宣传优生知识，减少胎次
据有关资料表明，胎儿患脑积水的危险度可因孕妇产次增加而升高。两胎以上者脑积水发生率明显上升。因此，宣传优生知识，减少胎次，是防止脑积水患儿的途径之一。
四、提倡适当年龄生育
从有关资料显示，脑积水畸胎的发生率有随孕妇年龄增长而递增的趋势。一般25～29岁组发生率最低，但差异无显著性，30岁以后发生率就有递增趋势。因此，提倡适当年龄生育，对预防脑积水患儿的发生有一定意义。
五、加强优生教育，提高人口文化素质
据有关统计资料提示，脑积水患儿的发生与孕妇文化程度有关，孕妇文化程度越低发生率越高，文盲与半文盲者后代的患病率最高。所以要提高人口的健康素质，首先应提高人口的文化素质，以增强群众对优生教育的接受能力和自我保健意识。
六、安全分娩，谨防窒息、产伤、颅内出血
孕妇分娩时，一定要在环境条件较好的医院分娩，在分娩过程中不要拖延产程，谨防围产儿窒息，防止产伤，胎儿特别是早产儿出生后3天内，每日常规肌注10mg维生素K1，以预防因维生素K缺乏而致颅内出血，形成脑积水，这是预防围产期脑积水儿发生的重要环节。