泌尿感染的原因为病原体通常经两个途径之一侵入尿路。迄今为止，最常见的途径为经尿路下端--男性的阴茎端开口或女性外阴的尿道开口，结果是经尿道向上扩散的上行性感染;另一可能的途径是经血源性途径直接感染肾脏。细菌、病毒、真菌或很多寄生虫均可引起尿路感染。
细菌
下尿路--膀胱和尿道--的细菌感染十分常见。新生儿男性比女性常见，但是1岁时，女孩为男孩的10倍;约5%左右的青春期女性，在某个时期发生过尿路感染，但是青春期男性却罕见;20～50岁的人群中，尿路感染女性约为男性的50倍;50岁以上的人群，两性尿路感染均较常见，较少有性别差异。
85%以上的尿路感染，细菌来自病人自身的肠道或阴道。然而，一般情况下，侵入尿路的细菌由膀胱排空时的冲洗活动被冲刷出体外。
病毒
2型单纯疱疹病毒(HSV-2)感染可波及男性的阴茎，也可波及女性的外阴、会阴、臀部、子宫颈或阴道。若尿道受到感染，可排尿疼痛和膀胱排空困难。这是尿路感染的原因之一。