1.血象
溃疡型肠结核可有中度贫血。无并发症者白细胞计数正常，但淋巴细胞增多。90%的患者血沉明显增快。
2.粪便检查
溃疡型肠结核粪便外观糊状，无黏液脓血，镜检可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩找到MTB同时痰菌阳性具有诊断意义。合并肺结核者痰菌可阳性，对诊断有参考意义。
3.结核菌素试验
可为阳性或强阳性，强阳性对增生型肠结核诊断意义较大。
4.聚合酶链式反应
聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，PCR)又称DNA体外扩增技术。PCR技术在基因水平上为结核病原学快速、敏感、特异诊断开辟了新的途径。
影像学检查
1.X线检查
X线钡餐造影包括双重对比或钡剂灌肠检查对肠结核的诊断具有重要意义。鉴于钡餐检查除可明确胃肠的器质性病变外，还可了解其功能性障碍，故应属首选。
对有并发肠梗阻者，最好进行钡剂灌肠，因为钡餐可以加重肠梗阻，往往促使部分性肠梗阻演变为完全性肠梗阻;对病变累及结肠的患者宜加用钡剂灌肠检查，常可更满意地显示结肠器质性病变。
2.乙状结肠镜和纤维结肠镜检查
一般肠结核患者不作为常规检查措施，但在重症患者病变涉及乙状结肠下段或直肠者。
可借助乙状结肠镜检查和直视下采取活组织检查，以明确溃疡的性质与范围，对诊断与鉴别诊断有很大的帮助，用纤维结肠镜检查可察看升结肠，盲肠和回肠末段的病变，并可作活组织检查及照相等，对本病诊断有重要价值。
病变部可见肠壁僵硬黏膜充血、水肿，触碰易出血，结节状或息肉样隆起，有时可见边缘不规则的潜行溃疡，黏膜活检可有结核结节及干酪样坏死或查到抗酸杆菌是确诊最有力的依据。
3.腹腔镜检查
对腹腔无广泛粘连，而诊断又十分困难的病例，可以考虑做腹腔镜检查，病变肠段浆膜面可能有灰白色小结节，活检有典型的结核改变。