一、常偏低
呈轻、中度贫血，以溃疡型患者为多见。在活动性病变患者中，血沉常增快。
二、粪便检查
增生型肠结核粪便检查多无明显改变。溃疡型肠结核粪便镜检可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩找结核菌，只有痰菌阴性时，才有意义。
三、X线检查
X线钡餐造影或钡剂灌肠检查对肠结核诊断具有重要意义。并发肠梗阻的患者只宜进行钡剂灌肠，以免钡餐检查加重梗阻，溃疡型肠结核肠段多有激惹现象，钡剂排空很快，且充盈不佳，病变上下两端肠段钡剂充盈良好，此称为跳跃征象。增生型肠结核等征象。有肠梗阻时，近端肠曲常明显扩张。
四、纤维结肠镜检
可直接观察全结肠、盲肠及回盲部的病变，并可行活检或取样作细菌培养。
典型病例的诊断一般无困难。但疾病早期，常因症状不明显或缺乏特征性而易漏诊。
下列几点可做为诊断本病的依据
一、临床表现有长期发热、盗汗、腹痛、腹泻(或便秘)的青壮年患者。
二、肺结核或其它肠外结核患者原病灶已好转，但消化道症状和结核毒血症状反见加重者。
三、右下腹肿块伴压痛，或出现原因不明的不完全性肠梗阻表现者。
四、胃肠X线检查回盲部有激惹、钡剂充盈缺损或狭窄征象者。
对于疑有肠结核的患者，在初步排除相关的疾病后，仍难确诊时， 可给予抗结核药物，治疗两周，观察疗效，以帮助诊断。