一旦确诊脊柱结核，入院后应先系统抗结核治疗，疗程一般为2周，尤其是合并肺结核的病人，一般入院至少需抗结核治疗2周或更长时间，体温趋于正常，结核症状趋于稳定方可手术。否则易导致结核菌播散，尤其是体弱或合并其它疾病的人。
其用药原则是：早期、联合、全程、规律、适量。
1.全效杀菌药
①异烟肼(INH)：为首选药和必选药，运用于全身各部位的结核病。该药副作用小，周围神经炎可用维生素B6防止;可引起精神兴奋，癫痫儿慎用;少数病人可引起肝细胞性黄疽。②利福平(RFP)：是对耐药菌感染及短程化疗的主要药物。饭后服或与对氨柳酸、巴比妥类同服减少本药吸收，故应空腹服用。本药可致胃肠反应，与INH合用对肝损害增加，偶可引起过敏反应，如发热、皮疹等。服该药时排泄物呈红色。
2.半效杀菌药
①链霉素(SM)：低浓度抑菌、高浓度杀菌。该药对平衡器官及听力有损害，且是不可逆的。同时静脉使用右旋糖酐及速尿时，易引起肾功能损害并加重对第八对脑神经毒性反应。②比嗪酰胺(PZA)：为短程化疗的主要药物之一，对预防结核病复发有特殊作用。口服易吸收。副作用是肝损害、胃肠症状，少数有高尿酸血症等。
3.抑菌药乙胺丁醇(EMB)
对耐药的结核菌同样有抑菌作用。口服吸收好。副作用为球后视神经炎，停药后可消失，胃肠反应，下肢麻木等。