肛门瘙痒症的患者初起肛门瘙痒较轻，肛门皮肤无明显变化，多为阵发性，久病患者瘙痒较剧，持续时间较长，尤以夜间更甚，过度的搔抓或机械刺激使肛周皮肤增生肥厚粗糙，肛门皱襞加深，局部有抓痕，血痂，渗液，皱襞缝中残留粪便污垢，更重者可合并感染见有脓泡或脓性分泌物，潮红肿胀，病变可扩展至会阴，阴囊，女性外阴甚至双臀部皮肤。
原发性瘙痒不伴有原发性皮肤损害，以瘙痒为主要症状。继发性瘙痒症产生于原发性疾病及各种皮肤病，伴有明显的特异性皮肤损害和原发病变，瘙痒常是原发病变的一个症状，如肛瘘，肛门湿疹，湿疣，神经性皮炎，肛管直肠肿瘤，蛲虫等引起的肛门瘙痒均属此类。
初起肛门周围以顽固性发痒为主症或如有虫爬、蚁走等感觉，时轻时重，间歇或持续性发痒，并常蔓延至前阴。用手搔抓后有灼痛、刺痛，有时如虫咬，夜间安静时加重，甚至影响睡眠。由于长期搔抓患处皮肤可变厚，皱襞肥大，皮色因色素的脱失或沉着而变浅或加深，与周围皮肤有明显界限，常有破溃、糜烂、渗液、皲裂、出血等。久之，皮肤出现苔癣样变化。
肛门瘙痒每遇温度变化或季节交替容易复发或加重病情。