大多数肝囊肿并无症状，常在体检时发现。但也有一些患者感到腹部不适或疼痛，这可能是由于囊肿位置表浅易与膈肌或腹膜磨擦所致。一般讲，这种肝囊肿引起的疼痛并不严重。巨大肝囊肿也可挤压周围脏器，使患者感到腹部不适或胀满、甚至影响消化和呼吸。 对于大多数患者来说，其所患肝囊肿均为小的肝囊肿，其最大直径均不超过3厘米。
肝囊肿与肝血管瘤一样，不是肿瘤，不长大、不恶变，对肝囊肿患者无威胁，不要紧。所谓“不要紧”是意味着“不急”和不需要处理。另外，肝囊肿与肝血管瘤相比，更无破裂之忧。这是因为即使囊肿破裂，流出的液体也对人体无害。事实是肝囊肿甚少自发破裂。但肝囊肿患者仍需定期随访，每年做1-2次B超是需要的。 至今，尚未发现肝囊肿的形成与某些食物的关系，因此肝囊肿患者不需要忌口。也尚未发现家务、运动、工作对肝囊肿生长有促进作用，因此肝囊肿患者不需要改变自己的生活习惯及工作环境。