疼痛为三叉神经痛最突出的特点，表现有以下几点
1.疼痛的性质
突发性的阵痛，表现为面部，口腔及下颌部位的某一点，突然发生剧烈性的闪电式短暂的抽痛，犹如刀割样，火烧样，针刺样或电击撕裂样痛，多在谈话，进餐或洗脸时发生，每次历经数秒或数十秒至1～2min，疼痛立即向三叉神经的一支或几支区域的范围扩散。
疼痛常达到如此剧烈，以至于病人要停止谈话，停止饮食，停止行走，以双手掩住面部，严重者咬牙，用力揉搓面部，并且躲避开谈话的人，颜面发红，咀嚼肌和面肌痉挛，故称单面肌痛性肌痉挛现象或称痛性抽搐，疼痛可骤然消失，在2次发作期间完全无痛，如同正常人。
在患者发病初期，疼痛发作次数较少，常在受凉感冒后出现，间歇期长达数月或几年，自行停止自愈的病例很少，以后发作逐渐频繁，疼痛加重，病程可几年或数十年不一。
严重者发作日夜不分，每天可达几十次，甚至数百次，不能进食喝水，体质消瘦，患者终日处于疼痛难耐状态，表情沮丧痛苦，乃至失去生活信心而轻生，有些患者早期，呈季节性发作，疼痛在每年的春天或秋天的一定时间，呈周期性发作，而且每次发作持续时间1～3个月不等，然后无任何原因的自然消失，直到下一年的同一季节开始发作。
2.疼痛部位
疼痛发作仅限于三叉神经分布区，多为单侧，右侧较多，双侧少见，后者也常从一侧开始，而后累及对侧，且两侧疼痛发作区不一定对称，以一侧为主，发病初期，可先集中某一支分布区，长时间不变，多在一侧的第2支或第3支或第2，3支两支内的区域，而后可逐渐扩散到其他支，但不扩散越过中线而至对侧，如第1支的疼痛在上睑和前额;第2支的疼痛在上唇，齿龈及颊部，亦有硬腭疼痛者;第3支的疼痛在下唇，齿龈及下颌部，涉及到舌部痛较少，偶见双侧性的各自发作。
3.触发点(扳机点)
50%以上患者，在颜面部某一区域内有特别的皮肤敏感区，有轻微的触动，面部肌肉的牵拉及震动便可引起发作，这样敏感的区域范围局限，集中在一点或两点，称之为“触发点”或“扳机点”，一个病人可有数个触发点，部位常见于患侧上下唇，口角，鼻翼，颊部或齿龈等，凡是刺激和牵动此点便引起发作，从此点开始，立即放射到其他部位，面部刺激包括谈话，唱歌，进食，洗脸，剃须，刷牙及风吹等。
4.其他症状
由于疼痛并面部肌肉痉挛性抽搐，口角可向患侧歪，发病初期，面部，眼结合膜充血发红，流泪，流涕等，发病后期，可能出现结合膜发炎，口腔炎等，有的病人在疼痛发作时，用手掌握住面颊并用力地搓揉，以期缓解疼痛，久而久之使患侧面部皮肤变粗糙，增厚，眉毛稀少甚至脱落。
5.神经系统体征
神经系统查体，原发性三叉神经痛，除有部分病人角膜反射减弱或消失之外，均无阳性体征发现，少数病人，发病后期，多因采用过酒精封闭及射频治疗后，患侧疼痛区域内感觉减退，以致部分麻木，对于这种情况应作详细神经系统查体，以除外继发性三叉神经痛。