手术具体方法有：
①经主动脉途径心室间隔肥厚心肌切开术或切除术。②经左
室途径肥厚心肌切开术。③经右室途径肥厚心肌切除术。④二尖瓣切除及二尖瓣置换术。⑤左心尖-主动脉转流术。
手术损伤较大，可发生室间隔穿孔、术中及术后完全性房室传导阻滞、左束支传导阻滞及室间隔膨胀瘤、主动脉返流等，有一定危险性。死亡率为3%～10%，术后早期最主要的死亡原因为顽固性心力衰竭。近年来，手术死亡率有所下降，在5%以下，几个大中心的手术死亡率已在3%以下，年龄小于65岁者死亡率已降至1.2%，青年人及儿童更低。
手术后，室间隔变薄，左心室流出道的加宽，梗阻及二尖瓣返流解除，左室收缩压力下降，左室舒张末期压力和左房压也下降。患者血流动力学变化和症状可改善，但远期疗效尚不了解，术后能否延长患者的生命还有争议。