手术后早期要注意入量和出量的平衡，如果尿量少，要及时应用利尿剂，根据年龄和体重控制饮食量。饮食要注意清淡，适当食用蛋白类食品，如牛奶等，忌食盐分和脂肪量过多的食品。
手术后肺部护理十分重要，主要包括雾化吸入和吸痰，服用化痰药，防止肺不张。手术后必须根据医师吩咐规则服用药物，包括利尿剂、强心剂、补钾剂和活血剂等。
手术后早期活动量要限制，注意休息，即使以后心功能改善，也必须避免剧烈活动，因为心律增快和肺阻力增高不利于双向腔肺吻合术和改良Fontan术后静脉血的回流。
手术后康复出院必须根据医师嘱托定期门诊随访，尤其手术后早期必须检查心电图、胸片和超声，排除心律失常、心包积液、胸腔积液和肺不张等。