植物神经系统在生理上由大脑皮质神经进行支配和调节。正常情况下大脑皮质的兴奋、紧张交替进行，协调一致大脑是人情感、思维的主体，当外界的情志刺激因素强度过大，或持续时间过长，进而导致大脑皮质的部分区域过度兴奋，统一协调功能失常，致使大脑的血管紧张痉挛，血行缓慢瘀滞，进一步导致大脑供血不足，脑细胞低氧，代谢废物淤积，从而使大脑神经调节能力下降。
由于大脑皮质对植物神经系统的统帅作用，大脑这一人体司令部混乱常导致植物神经系统功能失调。如出现胸闷、憋气、心慌、濒死感等心脏神经症;胃痛、胃胀、呕吐、腹泻等胃肠神经症;其他如头痛头晕、失眠、健忘、皮肤发麻、皮肤发痒、痛经等各种各样、千奇百怪的临床症状。其临床特点首先是身体没有明显器质性改变，其次病情加重或反复常伴随焦虑、紧张、忧郁等情绪变化，一般按冠心病，胃炎等器质性疾病治疗常无效。
植物神经功能紊乱是在诸多心理社会因素作用下产生的一系列生理心理反应，某些性格缺陷者、素质性神经衰弱者易发生本病。大脑皮质功能紊乱，植物神经兴奋，抑制平衡失调亦易发生本病。采用合理有效的治疗，包括药物，心理，行为疗法及物理疗法，综合治疗使不少患者病情很快得到改善，经过一个阶段的治疗恢复了健康，重返学习，工作岗位 。
经过长期的临床实践，治疗植物神经功能紊乱关键在于建立信心，顺应自然，接受现实，正确对待实际生活中的挫折与病痛，发挥个人优势，克服性格弱点，振作精神，适当寻求解脱方式，寻求社会心理支持，保持生活规律及足够的睡眠，适当参加一些体育锻炼，娱乐与休闲，一般说，来经过2～3个月的生理、心理调适及合理用药，综合治疗植物神经功能紊乱是完全可以恢复的 。