有肝脏炎症坏死明显活动的患者，如果不给予及时治疗，有可能很快进展到肝硬化甚至发生肝功能失代偿。2010 年AASLD指南推荐的免疫抑制剂治疗指征包括：血清AST 或ALT > 10倍正常上限，或AST 或ALT >5 倍正常上限且γ 球蛋白至少> 2 倍正常上限，和(或)组织学表现为桥接样坏死或多小叶坏死。由于无临床症状、实验室和组织学轻度异常的患者其肝脏病变进展缓慢，是否需要给予免疫抑制剂治疗目前尚无定论，建议根据患者具体情况权衡治疗风险后制定治疗方案;即使暂不给予治疗，也需密切随访(3~6 个月1 次)。
大多数AIH 患者对免疫抑制剂应答良好。长期应用糖皮质激素所引发的不良反应是影响疗效的重要因素。近期一项前瞻性、随机、双盲、多中心临床试验表明，与泼尼松相比，新型糖皮质激素布地奈德具有更好的治疗效果，而且糖皮质激素相关不良反应发生率更低，有望成为更加安全有效的药物。
对于应用标准疗法应答不佳或治疗失败的患者，首先需重新考虑AIH 的诊断是否正确，同时需对治疗依从性进行评估。如除外上述问题，则应先尝试大剂量泼尼松(60 mg/d)或泼尼松(30mg/d)联合硫唑嘌呤(150mg/d)治疗方案，但须密切监测患者对药物的耐受性。如治疗效果仍不理想，则需考虑换用其他药物,如环孢素A、他克莫司、吗替麦考酚酯等(2 g/d)。然而上述药物的治疗经验多来自个案报道或小样本研究，需等待大规模随机对照试验的结果加以验证。