抗生素的选择应根据感染细菌的种类以及对肺组织和气道分泌物的穿透力而定病情较轻者以口服为主较重者采用静脉用药通常给予广谱抗生素如磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲基异噁唑TMP-SMZ)0.48g2次/d口服首剂加倍;新型大环内酯类抗生素如：克拉霉素0.75g2次/d口服或阿奇霉素0.1g2 次/d口服;第二代头孢霉素亦可供选择如：头孢呋辛纳0.75g3次/d静注或头孢克洛(希刻劳)0.25g3次/d口服;氟喹诺酮类如环丙沙星 0.5～0.75g2次/d口服左氧氟沙星(左旋氧氟沙星)0.1g2次/d口服有报道经纤维支气管镜局部灌洗后注入抗生素可有显著疗效 。