乳腺导管扩张症的自然病程长短不一，有的只有几天或几周，有的则可长达数年、数十年。可以一侧单发，也有双侧同时发病，或一侧发病之后，经过若干时间后另一侧也发病，亦有一侧先后多处发病者。
乳腺导管扩张症的早期是没有症状的，但其中一部分人变得有症状时，则在临床上常以乳头溢液、乳晕下肿块、乳晕旁脓肿、乳晕旁瘘管以及浆细胞性乳腺炎等形式出现。
乳腺导管扩张症常见的症状是乳头溢液。溢液的颜色可以是黄色的或棕绿色的，最终可成为血性的。溢液性质可以是水样的，或浆液性的，或乳酪状的。溢液是自发的，常常间断出现，并可持续相当长时间。溢液量有多有少。对溢液作细胞学检查，常可看见杂乱无章的细胞碎片、泡沫细胞、噬脂细胞、组织细胞、巨细胞、中性白细胞及腺上皮细胞等。
当病情发展时，扩张的乳导管壁伴随炎性反应和淋巴增殖，由于纤维化而变得增厚，使得乳导管变短而引起乳头回缩，最早的乳头改变是中心性凹陷，乳头呈水平的唇样变，逐渐可发展为不全性凹陷和完全性凹陷。也有因原有的先天性乳头凹陷引起导管排泄不畅，最后导致乳导管扩张者。如果乳晕部出现水肿，就可见到假性橘皮样变。
当导管扩张进一步发展时，或在导管内容物的分解产物的刺激下，或在外伤(包括手术、撞击)后，不断萎缩的乳导管上皮连续发生破裂，管内分泌物通过导管壁，引起导管周围组织的炎症，形成了乳晕下或乳晕周围的肿块，汉炎症向四周扩散时，则肿块迅速扩大，这一进程很快，常可于2~3天内肿块占据大部分乳房，由于肿块的迅速增大、僵硬、边缘不清与周围组织有粘连，局部皮肤有橘皮样变，乳头回缩，腋下淋巴结肿大，此时常被误诊为乳腺癌。细胞学检查或病理切片上可见到大量的淋巴细胞 及浆细胞，因而又称浆细胞性乳腺炎。有时还可见到肉芽肿组织及狼罕氏巨细胞。当脓肿形成时，乳房局部可出现不太明显的皮肤发红、发热、胀痛，全身症状可见低热、疲倦、头昏或头痛等，脓肿破溃后或形成瘘管，或暂时痊愈，以后反复发作，并常在一侧发病后，另一侧也出现同样病变。有人把此期病变称作“乳晕导管瘘。