急性缺血性脑卒中是临床神经内科常见病之一，也是高血压、心脏病、糖尿病的常见并发症，约占全部脑卒中的70%，致残率较高。急性缺血性脑卒中的治疗目的是降低致残率，提高病人生活质量。超早期(3h)溶栓治疗，可挽救缺血半暗带神经细胞。但大多数患者入院时已错过溶栓时机。因此，对此类患者应进行积极抗凝治疗。抗凝目的是干预凝血过程，改善缺血病灶周边区域的高凝状态，减少管腔内血栓再形成及进一步阻塞，改善侧支循环，抢救缺血半暗带区神经细胞，减轻神经功能缺损。低分子肝素钙抗凝作用依赖血浆中AM-Ⅲ的存在，与其结合后抑制凝血酶的作用，阻断凝血过程。其治疗急性缺血性脑血管病有明显效果，可改善预后，降低致残率和病死率。
水蛭素的抗凝作用有别于肝素，它是迄今最强的特异性凝血酶抑制剂，与凝血酶以等摩尔比结合，能与血浆中游离的及凝血块中与纤维蛋白结合的凝血酶结合，从而阻断凝血过程，防止血栓延伸。其作用不依赖于内源性抗凝因子。重组水蛭素只是63位酪氨酸未被硫酸化，其作用低于天然水蛭素。研究显示：其能抑制因缺血所致的凝血酶形成，防止继发性微血栓形成，增加缺血周边区域血流，挽救濒危的神经细胞。其在第四周仍能改善神经功能缺损，其机制有待研究。已知凝血酶在脑出血脑水肿中的作用已阐明，水蛭素能明显抑制这一过程，减轻脑水肿。另有研究显示水蛭素治疗急性缺血性脑卒中安全、可靠，不增加出血率。