内异症手术难于治愈，术后又易于复发，因此，药物治疗仍占据重要地位。药物治疗可分为术前用药或术后用药。术前用药可缩小病灶、缩小子宫、减轻盆腔粘连及充血、抑制卵巢生理性囊肿的生成，对腹腔镜手术应该有利。
目前内异症药物治疗多为术前及术后用药，术后用药可减灭残余病灶、推迟内异症复发。主要适合于异位病灶广泛、未能彻底切除者或肉眼所见异位病灶已被清除，但无生育要求的有疼痛症状者。国外发表的循证医学资料表明，对有疼痛症状的患者在腹腔镜保守性手术后再用药治疗以6个月为宜。对肉眼所见异位病灶已被清除，希望近期生育者可鼓励患者尽早怀孕。
治疗内异症常用而有效的药物有达那唑、孕三烯酮、促性腺激素释放激素类似物或激动剂 、孕激素类药物及口服避孕药物等。循证医学资料表明，上述药物治疗内异症的疗效相差不大，然而副作用各不相同，价格也有很大差异。因此，在选择用药时应与患者充分交流沟通，共同制定治疗方案。
1、治疗目的
明确诊断,除外恶性,长期试验治疗不可取;切除病灶,尽量减少卵巢的损伤,减少术后粘连;分离粘连,恢复解剖,助于妊娠;减轻症状,减少复发的可能。
2、治疗原则
根据每个病人的具体情况进行个体化的手术治疗。经腹腔镜手术还是开腹手术取决于操作者的经验和技术，不完全取决于患者的疾病期别。子宫内膜异位症手术治疗通常有三种方式，即保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术和根治性手术。
骶前神经切除术或骶骨韧带切断术，也为保守性手术的一部分，但其只能解决盆腔中线部位的疼痛，不能解决盆腔其他部位的疼痛。保守性手术虽然少有能治愈者，但毕竟改善了患者的生育机会，并且可以暂时缓解疼痛。保守性手术后约有25%的患者因为复发需要二次手术。复发率和病变程度及术后是否妊娠直接相关，术后妊娠者需再次手术的只有10%。
保留卵巢功能的手术包括子宫切除术，术后多数异位灶处于静止状态，术后复发需要再次手术的患者仅占5-10%。
根治性手术适用于内膜异位症伴明显直肠痛或消化道症状，盆腔外如肺、胸膜、肢体肌肉等子宫内膜异位症，药物和手术治疗失败者，保守性手术或子宫切除术治疗失败者，疼痛持续存在的病人或已经完成生育功能年近绝经的妇女。术后疼痛持续存在，可能与粘连、病灶存在及残剩卵巢有关。