对于子宫内膜不典型增生的治疗，首先要明确诊断，查清原因，若伴有多囊卵巢、卵巢功能性肿瘤、其他内分泌功能紊乱，应行针对性治疗。同时对诊断为子宫内膜不典型增生者即刻开始对症治疗，采用药物治疗或手术治疗。方案的选择应根据患者的年龄、对生育的要求，以及身体健康情况等确定。
一、子宫内膜增厚的药物治疗原则为
规范用药、长期检查、定期检测、及时助孕。用药种类：①促排卵药物氯米芬，每天一次，周期第5-9天服用，必要时用 药期可延长2-3天。②孕激素类药物：根据内膜不典型程度不同而有区别，轻度不典型增生可以黄体酮肌注，周期第18天或第20天开始，共用药5-7天。中 度及重度不典型增生者连续性应用甲羟孕酮，以3个月为一个疗程，每完成一个疗程即刮宫或取子宫内膜组织作组织学检查，根据对药物的反应，选择停止治疗或对 药物的剂量酌情增减。亦可宫腔内放环。
二、子宫内膜单纯增生及复杂增生的治疗
1.年轻患者采用促排卵治疗：年轻患者多为不排卵性功血，应测基础体温，确为单相不排卵者，可采用促排卵治疗。促排卵药物有舒经酚及绒促性素，一般多用于子宫内膜轻度不典型增生患者，氯米酚用量50～100mg，1次/d，周期第5～9天服用，必要时用药期也可延长2～3天。
2.生殖期女性刮宫治疗：一般刮宫一次即可控制出血，如刮宫后仍有出血，应行宫腔镜检及B超以除外黏膜下肌瘤或其他器质性病变，生殖期也可能有不育并临床表现为不排卵的多囊卵巢综合征者，则按多囊卵巢综合征治疗。
3.绝经过渡期：常属不排卵功血，若刮宫止血后月经稀发且血量多或流血时间长，则每两个月周期性孕酮治疗，共3个周期后随诊观察。
4.绝经后期：应询问是否用单纯雌激素替代疗法，刮宫后可暂停替代疗法或加用孕激素。孕激素类药物可以抑制雌激素引起的子宫内膜增生。
三、自宫内膜不典型增生
1.绝经过渡期或绝经后期，子宫切除：既然年龄是内膜增生恶变的主要高危因素，对于这一组年龄患者以切除子宫为宜。
2.年轻或生殖期盼生育者，药物治疗：不典型增生是潜在恶性的癌前病变，如果不治疗，20%将发展癌，但癌发生在年轻患者较为少见，而且，对年轻及生殖期患者，药物治疗效果好，故可选择药物治疗，以保留生育机能。