对于有症状的息肉，应该予以治疗;对于无症状的息肉，也是临床绝大部分息肉，主要根据是否有癌变倾向决定治疗方法。一般有癌变倾向的腺瘤性息肉，原则上应该切除，而增生性息肉，炎性息肉等则无需特殊治疗，观察随访就可以了。直肠息肉的治疗方法主要为通过内镜或者手术的方法予以切除。
内镜治疗
内镜治疗是切除直肠息肉最常用方法。一般来说，只有有癌变倾向的息肉，或者导致临床症状的息肉才需要考虑内镜下治疗。内镜治疗最适用于有蒂息肉，可以采取的切除方法很多，应根据息肉的部位、大小、形态，有蒂或无蒂等，选用不同的手术方式。近年来，随着内镜治疗技术的提高，结肠镜内镜切除的手段越来越多，适应征越来越扩大。
一般来说，对于较大的有蒂和亚蒂息肉，直径2cm的可直接用接高频电的圈套器套入息肉根部，一次性进行切除。大于2cm的宽基底息肉可分次摘除或用尼龙圈套扎。扁平无蒂息肉可以采用内镜下黏膜切除术(EMR)方法切除，在基底部粘膜下层分点注射肾上腺素盐水，待病变隆起后，即圈套切除，既可预防出血和穿孔，又达到了治疗的目的;近年来，越来越多医生采用内镜黏膜下剥离(ESD)技术，甚至可以完整切除5到10cm的扁平息肉。对于小于0。5cm的息肉，直接用活检钳钳取切除，有时候也用氩气激光电凝的办法治疗，安全快速。内镜切下的息肉一般要收回，并送病理检查。内镜下息肉切除术一般是安全的，但是也会有一些并发症的风险，最常见的并发症有：肠穿孔，内镜下直肠息肉切除过程中可能把整个肠壁切穿，导致肠内容物进入腹腔，病人出现气腹，腹痛，感染等。比较小的穿孔有可能通过内镜用金属夹封闭，大的穿孔需要急症手术治疗。息肉切除术后出血也是常见并发症，绝大部分的出血可以通过内镜进行止血而避免挽救性手术。
手术治疗
对于腺瘤性息肉，或者不明原因息肉，当内镜下无法切除或者切除不成功时，需要手术治疗。根据息肉的性质，病变大小以及距离肛门的远近有不同的手术切除方法。大部分的直肠息肉可以从肛门切除。
对于直肠息肉患者中的腹泻病人，可给予缓泻药物，口腹复方苯乙哌啶，易蒙停等，还可用甲硝唑等保留灌肠。腹痛者，予以解痉镇痛药物治疗，肌注阿托品或口服普鲁苯辛等药物治疗。便血者可用止血药物，如止血定、维生素K、安络血、立止血等。