短肠综合征一般发生于切除75%，或者剩余小肠不足一米者。是肠功能障碍衰竭的一种，最主要后果就是作为营养吸收的场所的小肠过少引发的营养障碍。一些病人需要靠长期的家庭式静脉营养作为营养来源。由于肠缺血坏死切除小肠，也是原发病不得已而为之，治疗同时，应特别注意肠外营养所致的并发症，如删除脓毒血症、肝病、小肠细菌过度增殖等。
常见治疗方式有非手术治疗与外科治疗两种：
一、非手术治疗
1.急性期
(1)维持机体的水、电解质和酸碱平衡及营养。
(2)防治感染选择抗厌氧菌和需氧菌的抗生素。当病人持续发热应及时行B超或CT检查，以早期发现腹部脓肿并有效处理。
(3)控制腹泻禁食及胃肠外营养可抑制胃肠道蠕动和分泌，延缓胃肠道的排空，减轻腹泻的程度。腹泻难以控制者，可应用生长抑素和合成类似物皮下注射。
2.适应期
残存肠管开始出现代偿变化，腹泻次数趋于减少。在保证足够营养摄入的前提下，逐步用肠腔内营养代替静脉营养，以预防小肠黏膜刷状缘的酶活性减低。应早日恢复经口进食。此期，还应注意补充脂溶性维生素、维生素B12、钙、镁、铁、矿物质药物制剂。
3.维持期
此期残存小肠功能已得到最大代偿，通常能耐受口服饮食，不需限制脂肪及将液体与固体分开，但仍有30%的患者在该期出现吸收不良现象，需定期测定血浆维生素、矿物质、微量元素浓度，并予补充调节治疗。如经过非手术治疗仍不能奏效的短肠综合征，则需考虑手术治疗。
二、外科治疗
外科治疗的目的是通过增加肠吸收面积或减慢肠运输时间(延缓食糜排空)以增加小肠的吸收能力。
1.减慢肠运输的有关手术方式
(1)小肠肠段倒置术将一段小肠倒置吻合使倒置的肠管呈逆蠕动，能减慢肠运输和改变肌电活动，有利于营养物质的吸收。
(2)结肠间置术利用结肠蠕动缓慢且肠段蠕动冲击少见的特点，将结肠间置于空肠或回肠间，延长肠运输时间。
(3)小肠瓣或括约肌再造术广泛切除小肠同时又切除了回盲部的病人预后极差，本术式主要为此类病例所设计。
2.增加肠表面面积的手术方式
小肠缩窄延长术，将一段小肠，沿长轴切开一分为二，并注意将肠系膜血管分开，以保持各自的血供，分别缝合成为两个细的肠管，其直径为原肠管的一半长度。该手术方式适合肠段扩张的病人特别是患儿，但有潜在的并发症如吻合处多发粘连及狭窄。