慢性乙肝的治疗时间长，医疗费用较高，再加不恰当的滥用药物，更加重了额外的经济负担。我国每年用于治疗慢性肝炎、肝硬化、肝癌的直接医疗耗费约300亿元人民币。因此，加强病毒性肝炎的预防;探求慢性肝炎的有效治疗方法，是当前亟待解决的重大课题。
1、一般措施
基础治疗是最基本的治疗，许多急性乙肝和轻型的慢性乙型肝炎病人，可经休息、营养而病情缓解。首先应给予合理饮食，营养支持，禁忌烟酒。生活工作中应劳逸结合，适当休息，避免过劳。但在急性乙肝早期肝酶明显升高或者慢性肝病病变明显活动时，均应卧床休息。
慢性乙肝病人或慢性乙肝病毒携带者常有种种心理负担，医生应作耐心的解释，帮助病人解除心理负担，尤为重要。病人也应该树立准确的观点，慢性乙型肝炎并非不治之症，定期随访和经过恰当的治疗可以防止病情发展甚至治愈疾病。
2、“保肝”药物
辅助和对症药物的治疗俗称“保肝”治疗。目前辅助药物众多，商品名称更多，按其作用类型可区分为几大类，有些药物可能同时有多方面的作用。
包括：护肝药物有肌苷、益肝灵(水飞蓟素)、VitB、VitC等;缓解炎症药物有复方甘草甜素、甘力欣、强力新(强力宁)等;降酶药物有联苯双酯、五味子、垂盆草等;退黄药物有门冬氨酸钾镁、腺甘蛋氨酸、苯巴比妥等;中草药有山豆根(肝炎灵)、苦参素等;抗纤维化药物有干扰素、秋水仙碱等。
“保肝”治疗在急性肝炎、不适合抗病毒药物的慢性乙肝和不同基础疾病的肝功能衰竭病人，常是主要的治疗手段。但是对于慢性乙肝病人，肝脏炎症缓解后常常仍然存在病毒感染，因此“护肝”治疗只是阶段性的处理，而关键在于清除病毒。
3、免疫调节药物
许多临床现象表明：慢性乙肝的发展和后果，主要取决于宿主的免疫应答，故应用一些免疫调节药物，可能阻止或改变疾病的发展。
免疫调节药物包括：免疫增强剂如左旋咪唑、胸腺肽α等;免疫抑制剂如糖皮质激素、秋水仙碱等;重组细胞因子如白细胞介素-2、白细胞介素-12、粒-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)等;其他如转移因子、特异性免疫核糖核酸、乙肝免疫球蛋白等。免疫调节药物须在医生的指导下使用。
4、抗病毒药物
目前认为，乙肝病毒的持续感染是造成乙肝慢性化的主要原因，且可导致病情发展、恶化至肝硬化、HBV相关性肝细胞癌。因此，抗病毒治疗是慢性乙肝治疗的关键。
目前尚无一种能迅速、直接清除乙肝病毒的药物。目前最好的抗病毒药物的疗效也仅能达到50%左右。国内外医学界所公认的治疗慢性乙肝有确切疗效的抗病毒药物主要有两大类：α干扰素和核苷类似物。α干扰素如赛若金(重组人干扰素α1b)、进口及国产干扰素α2b、α2a、组合干扰素、长效干扰素等。核苷类似物如Lamivudine、泛昔洛韦等。
此外，乙肝垂直传播容易形成免疫耐受。感染乙肝病毒的母亲通过胎盘感染胎儿，孩子出生后，由于免疫系统发育不完善，免疫功能不健全，不能有效地识别乙肝病毒，从而造成乙肝病毒感染。