抗病毒治疗是慢性乙肝的根本治疗方法。对于符合抗病毒治疗的乙肝患者只有采用乙肝抗病毒治疗药物进行治疗，才能实现疾病的康复。肝脏存在炎症改变，符合慢性乙肝的病理学诊断标准，或通过肝穿刺证明是早期肝硬化，同时血清学检测HBv标志物证明有病毒的复制，才可以给予抗病毒治疗。
一、治疗原则
1、HBv复制活跃，HBeAg阳性、HBv DNA阳性;
2、肝脏组织有炎症改变。
二、药物治疗
1、干扰素(普通干扰素、长效干扰素)
这类药物的优点是有固定疗程、不产生病毒耐药、HBeAg,HBsAg血清转换率高且应答持久、具有调节免疫和抗病毒双重功效;缺点：需皮下注射、价格较高、不良反应较多等(流感样症候群、骨髓抑制、精神异常等)有妊娠、精神病、酗酒、失代偿期肝硬化、甲状腺疾病等禁忌症。
采用干扰素治疗病情阶段：病毒载量低于109、高ALT水平、HBeAg低滴度、女性、非母婴传播、病程短
2、核苷(酸)类似物
这类药物的优点是：三性“有效性、易行性、安全性”，功能主要也是抗病毒，进步免疫及恢复肝功，但是也有疗程不固定、易发生病毒耐药、停药后易复发等的缺点。
临床研究显示，核苷类似物耐药患者改用干扰素治疗可能是有效的治疗方法。