引起乙肝治疗效果不佳的原因有治疗方法不当，治疗不及时，错失治疗时机，用药不科学，乱用药物情绪不佳等，所以乙肝患者一定要引起重视。其主要原因是误治、乱治、失治，具体说来有以下7点。
1、治疗对象选择不合适
许多患者不属于抗病毒治疗的范围，如慢性病毒携带者、中晚期的肝硬化患者等，但他们却硬性使用干扰素等抗病毒药物治疗。结果非但难以取得疗效，反而容易造成不良反应。
2、用药方案不正确
一些患者虽然属于抗病毒治疗的范围，但是所选用的抗病毒治疗药物及其剂量、疗程却不正确，临床上也难以奏效。
3、滥用或乱用药物
有的患者四处求医，今天用西药，明天用中药;名目繁多的虚假肝病广告更让广大患者无所适从。大部分乙肝广告用药都存在着虚假和欺骗，疗效包罗万象，神乎其神，诱使患者上钩，骗钱敛财。
4、不该治疗的也拼命治疗
我国乙肝感染者虽多，但绝大多数为慢性乙肝病毒携带者，他们大都没有特殊不适，肝功正常，乙肝病毒复制指标阴性，这些人群不宜用药治疗，无论怎样用药，也难改表面抗原阳性这一结果。这些人群仍可视为正常人，可以从事正常的工作和学习。遗憾的是很多这样的人都在尝试着各种治疗，力图使表面抗原转阴，以彻底改变表面抗原阳性带来的不利影响。
5、治疗目标定位偏差
目前乙肝治疗的最佳目标和结果是：肝功能长期稳定、正常，病毒复制指标保持阴性。治疗目标不宜定得过高，不可一味追求表面抗原阴转，或是所谓的“三阳”全部阴转，这些是绝对不可能的。
6、失去最佳治疗时机
治疗乙肝的最佳时机是转氨酶轻度升高、乙肝病毒复制指标呈阳性的患者，病程越短，治疗效果越好。有的患者得了乙肝，不及时治疗，依然喝酒，不注意休息，病情进入肝硬化阶段才着急治疗，治疗效果自然较差。
7、心理状态和心理调控失衡
得了乙肝，每天焦虑不安、惊慌失措，生活和工作质量下降，天长日久，自身免疫功能紊乱，反而加剧了病情。