乙肝抗病毒治疗是一种较有主流的有效的乙肝治疗方法，但乙肝患者对药物的选择和服用疗程是很有讲究的，单纯的乙肝抗病毒治疗药物会产生一些弊端，在乙肝患者在初治选择疗法的时候还是需要谨慎，特别是要注意以下几点。
1、单纯的抗病毒药物仅能抑制病毒复制，不能完全清除病毒，也就是说它能够控制病情进展，但不能完全治愈乙肝。甚至有少数患者对某种药物不敏感，需换用另一种。
2、疗程长(核苷类似物至少为2年，甚至更长时间;干扰素为1年)，药物需按时应用，切记不能自行随意停药。在治疗过程中需定期在专科医生处就诊，复查相关指标。
3、同大多数病毒一样，乙肝病毒也容易发生变异，有许多患者未用药也发生了病毒变异(如前C区变异);同样在抗病毒治疗的过程中，也有可能出现病毒变异，极少数可引起病情突然加重。
4、任何药物都具有一定的不良反应甚至出现一些意外情况。核苷(酸)类似物最常见的不良事件有乏力、呼吸道感染样症候群、头痛、腹部不适和腹痛、恶心、呕吐和腹泻、皮疹等;最严重的不良事件有乳酸性中毒、肾功能损害、肌酸激酶(CK)升高等。干扰素的不良反应相对更多。应当在专科医生处定期随访，防范严重不良事件的发生。