抗病毒治疗是慢性乙肝治疗的关键措施，病毒彻底清除且永不复发是医生和患者的共同心愿，但是当前的治疗手段还远远不能实现这一目标。因此在抗病毒治疗前让患者了解治疗的预期有利于患者更好地依从治疗方案，乙肝抗病毒治疗的显效过程可分为以下三个层次。
第一个层次
肝功能恢复正常，病毒定量阴转。病毒定量阴转，肝功恢复正常提示病毒复制明显减弱或者停止，肝脏的炎症活动减轻或者消失，疾病一般不会继续进展。因病毒复制容易反弹，仍应继续巩固治疗，争取实现第二个层次的目标。
第二个层次
肝功持续正常，HBVDNA持续阴性，e抗原血清学转换(e抗原阳性的慢性乙肝)：e抗原阳性的慢性乙肝在实现第一个目标之后继续巩固治疗，有部分患者可以实现e抗原血清学转换，即e抗原阴转、e抗体出现，e抗原血清学转换预示着机体免疫系统和乙肝病毒之间的力量消长发生重大转机，实现了免疫控制。实现e抗原血清学转换是停药的基本前提。根据我国2010年《慢性乙肝防治指南》，应用核苷类似物治疗，e抗原血清转换后(前提是病毒定量已经阴转，同时肝功正常)再继续应用一年可以考虑停药。之所以把e抗原血清转换确立为停药指征，是因为达到这一目标后，患者停药后相对不容易反弹。但并不是肯定不反弹。
第三个层次
在第二个层次的基础上实现表面抗原转阴，表面抗原的阴转预示着HBVDNA的全面清除，临床上接近痊愈的状态。实现这个目标后再停止用药，反弹的几率更小或者不反弹。当前长期应用核苷类似物治疗或者核苷类似物联合干扰素治疗，有越来越多的患者实现了表面抗原的阴转。