抗病毒治疗是慢性乙肝治疗的关键措施，目前抗病毒治疗有两大类药物一类是干扰素，一类是核苷类似物。病毒彻底清除且永不复发是医生和患者的共同心愿，但是当前的治疗手段还远远不能实现这一目标。因此乙肝抗病毒治疗过程中和治疗结束后的复查是必要的。
一、干扰素治疗过程中检查
1、开始治疗后的第1个月，应每1~2周检查1次血常规，以后每月检查1次，直至治疗结束；
2、生化学指标，包括ALT、AST等，治疗开始后每月1次，连续3次，以后随病情改善可每3个月1次；
3、 病毒学标志，治疗开始后每3个月检测1次HBsAg、HBeAg、抗-HBe和HBV DNA；
4、其他：每3个月检测1次甲状腺功能、血糖和尿常规等指标;如治疗前就已存在甲状腺功能异常或已患糖尿病者，应先用药物控制甲状腺功能异常或糖尿病，然后再开始干扰素治疗，同时应每月检查甲状腺功能和血糖水平。
5、 应定期评估精神状态，对出现明显抑郁症和有自杀倾向的患者，应立即停药并密切监护。
二、核苷(酸)类似物治疗过程中检查
1、生化学指标即肝功能，治疗开始后每月1次、连续3次，以后随病情改善可每3个月1次；
2、病毒学标志，主要包括HBV DNA和HBeAg、抗-HBe，一般治疗开始后1-3个月检测1次，以后每3-6个月检测1次；
3、根据病情或使用抗病毒药物的不同，定期检测血常规、血清肌酐和肌酸激酶等指标。
三、治疗结束后随访
治疗结束后，不论有无治疗应答，停药后半年内至少每2个月检测1次ALT、AST、血清胆红素 (必要时)、乙肝两对半和HBV DNA，以后每3~6个月检测1次，至少随访12个月。随访中如有病情变化，应缩短随访间隔。