目前治疗乙肝的药物不外乎以下几种：保肝药物、免疫调节药物及抗病毒药物。现对其做简单的介绍。
1、“保肝”药物
辅助和对症药物的治疗俗称“保肝”治疗。目前辅助药物众多，商品名称更多，按其作用类型可区分为几大类。
具有综合作用的药物。包括：护肝药物有肌苷、益肝灵(水飞蓟素)、VitB、VitC等;
缓解炎症药物有复方甘草甜素、甘力欣、强力新(强力宁)等;
降酶药物有联苯双酯、五味子、垂盆草等;
退黄药物有门冬氨酸钾镁、腺甘蛋氨酸、苯巴比妥等;
中草药有山豆根(肝炎灵)、苦参素等;抗纤维化药物有干扰素、秋水仙碱等。
但是，理论上有某种“护肝”作用的药物，经吸收代谢后在体内未必有同样作用;且体内代谢过程极其复杂，加强或者抑制其中一个环节，亦难以预知其最终结果。
2、免疫调节药物
许多临床现象表明：慢性乙肝的发展和后果，主要取决于宿主的免疫应答，故应用一些免疫调节药物，可能阻止或改变疾病的发展。免疫调节药物包括
免疫增强剂如左旋咪唑、胸腺肽α等;
免疫抑制剂如糖皮质激素、秋水仙碱等;
重组细胞因子如白细胞介素-2、白细胞介素-12、粒-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)等;
其他如转移因子、特异性免疫核糖核酸、乙肝免疫球蛋白等。
免疫调节药物须在医生的指导下使用。
3、抗病毒药物
目前认为，乙肝病毒的持续感染是造成乙肝慢性化的主要原因，且可导致病情发展、恶化至肝硬化、HBV相关性肝细胞癌。因此，抗病毒治疗是慢性乙肝治疗的关键。
目前尚无一种能迅速、直接清除乙肝病毒的药物。目前最好的抗病毒药物的疗效也仅能达到50%左右。国内外医学界所公认的治疗慢性乙肝有确切疗效的抗病毒药物主要有两大类：α干扰素和核苷类似物。α干扰素如赛若金(重组人干扰素α1b)、进口及国产干扰素α2b、α2a、组合干扰素、长效干扰素等。核苷类似物如Lamivudine、泛昔洛韦等。
干扰素作用于细胞上的干扰素受体，诱导和激活细胞抗病毒蛋白基因，产生抗病毒蛋白，起到抑制病毒的作用;它还可以诱导2'-5'寡腺苷酸合成酶系统的(2'-5' OAS)和蛋白激酶，抑制病毒的复制。从以上机制来看，干扰素不能杀灭病毒，只是起抑制病毒复制的作用，一旦撤除干扰素病毒又重新复制。因此干扰素的对于肝炎病毒的治疗复发率高，所以要求疗程长(4—6个月)，如果能联合使用免疫调节剂，提高患者自身固有的免疫力，可达到相加效应，以企提高干扰素的疗效。
拉米夫定为核苷类似物，有强大抑制HBV复制的作用，吸收进入体内后在肝脏中在逐步加入磷酸形成活性5'-三磷酸盐，类似脱氧胞苷三磷酸盐可以渗入病毒DNA终止DNA的合成：可竞争性的抑制HBV病毒DNA依赖和RNA依赖的DNA多聚酶和逆转录酶的活性，从而达到迅速抑制HBV-DNA的复制，明显降低血清HBV-DNA水平。
作用特点：毒性低，可以长期治疗;口服吸收良好，每天服药一次，使用方便，病人依从性好;短期治疗后停药复发率高;长期治疗后，乙肝病毒易发生变异及耐药。
基因治疗是将目的基因重组到载体上进入机体后所表达的产物能治疗患者的病，或灭活患者的有害基因。这种通过对基因的修饰、置换或灭活达到治疗疾病的目的，称为基因治疗。目前，人们正在探索基因治乙肝过程中。
中药在治疗乙型肝炎的临床应用中证明：护肝、降酶及改善症状的疗效是确切的，但杀灭乙肝病毒而不损伤肝细胞则是还有待解决的难题。
全息自灸疗法可提高乙肝患者自身抗病毒能力，临床应用也屡获良效。