慢性乙型肝炎的病程可达半年以上，且不容易被发现，比较隐匿，只能通过体检才可发现。它的治疗程序比较繁琐，时间也比较长，部分病人经过20-30年转变为肝硬化,肝癌。可通过抗病毒药物进行缓解治疗。
抗病毒药物常见的有6种：干扰素(IFN)、单磷酸阿糖腺苷(Ara AMP)、阿昔洛韦(ACV)、其他核苷类似物，如拉米夫定(Lamivudine，3TC)为胞嘧啶核苷类似物、利巴韦林(Ribavirin)、膦甲酸钠(PFA)。这7类药物只能抑制HBV复制，从而缓解炎症活动性，对整合病毒无作用。以下将一一详细介绍这6种药物的治疗医理。
IFN是目前最常用的抗病毒药物，它的特性是它能在乙肝治疗上被广泛应用的原因之一。如病人能够在这种药物上做到持久治疗，在结束1年的治疗后，其中约有20%～30 %复发，其他都有明显好转。α-IFN的常用剂量为3～5MU/次，每周3次，进行4～6个月即可。也可采用3～5MU/d，1次/d，1个月后改为每周3次，疗程与α-IFN一样，没有特定的疗程，病患可根据自身病情增加1～2个疗程。1Mu/次属于较小的剂量，因此可能会达不到治疗效果，如果剂量>10MU/次，又容易出现不良反应，病人要适当调整自己的治疗剂量。治疗后约有40%的病人可获得持久治疗反应，使用这种药物1年左右，便可让病情好转。经α-IFN治疗后HBsAg转阴病人约占10%左右，一般发生在治疗中或治疗结束后3个月内。
单磷酸阿糖腺苷在抑制DNA多聚酶上具有选择性，这个特性使它能有效抑制病毒DNA合成。它的用法没有干扰素繁琐，比较简单，只要求病患每日10mg/kg，通过肌肉注射或静脉滴注，6天后药量减半，疗程短，为期1个月。
阿昔洛韦属于核苷类似物，同样对病毒DNA多聚酶具有抑制作用。需要每天通过静脉滴注剂量为15mg/kg的阿昔洛，不可直接服用，1个疗程为期30天。
拉米夫定为胞嘧啶核苷类似物，能够抑制病毒反转录酶，成人用量为每日100mg，口服便可，相比起其他药物，这种药物的服用方式比较方便，经1～2个月治疗后多数病人HBV DNA可转阴，ALT也随之下降但停止治疗后易反跳。
利巴韦林为单磷酸肌苷(IMP)脱氢酶抑制剂，通过抑制IMP，从而阻止病毒核酸合成。成人剂量为10～15mg/(kg d)，肌注或静脉滴注或0.8～1.2g/d，分次口服，疗程3～6个月。
膦甲酸钠是一种焦磷酸类似物，目前据统计这种药物有600多种。它的病理主要是当病毒合成时，作用于反转录酶从而抑制DNA多聚酶活性，达到抑制乙肝反复发作的作用。这种药物是使用比较方便，对于成人来说，一次用60mg/(kgd)，用肌肉滴注，坚持用上2～3周可有效治疗乙肝。但是这种药物的过多使用会引起多系统不良反应，因此肾功能不足的病患需慎用，先询问医生的建议再进行服用，切忌病急乱吃药。
慢性乙肝虽然比较难治，但医学上有很多疗效很好的药物，病患坚持服用，可以看到病情好转。慢性乙肝是由急性乙肝演变而来的，如果病患觉得自己有乙肝的症状，就要及时投医，到专业正规的医院进行就诊，不可拖延，如果急性乙肝在6个月内没有得到有效得治疗，便会转为慢性乙肝。