早期症状与败血症相似，主要为体温不稳，足月儿多表现发热，早产儿则体温不升，其他症状有神萎、不哭、拒乳、面色苍灰，黄疸加深。此时必须仔细观察病情发展，如发现烦躁不安、两眼凝视或闭眼嗜睡，提示发生脑膜炎的可能。惊厥开始时可能只有眼睑或咀角轻微抽动，以后出现指趾抽动或肢体抽搐。肌张力增强或低下，病情可能迅速恶化，表现呼吸不规则、暂停或衰竭。有时皮肤出现花纹，血压下降而至休克。新生儿由于囟门和骨缝未闭合，颅内压增高的征象出现较晚。
如治疗用药正确，脑脊液变化已减轻，培养也阴转，但仍有不明原因的发热，或症状又反复，常由于合并脑室膜炎，少数可能因并发硬脑膜下积液。脑膜炎晚期如头围增大，眼球下转，表示已并发脑积水。