以预防为主在受孕前男女双方都应到医院做仔细的检查包括生殖器检查及必要的化验有条件的可做染色体检查，如能找到原因针对原因进行治疗已经妊娠者也要按照医生的指导针对原因进行不同的安胎处理。
如果曾经有过胎停育和自然流产史的应该在下次怀孕前找到病因以避免重蹈覆辙，应该用电化学发光法查内分泌和抗胚胎抗体;做阴道镜动态数字化子宫输卵管造影和阴道四维彩超封闭抗体和抗胚胎抗体有本质区别封闭抗体是无特异性的东西真假难辨;抗胚胎抗体是特异性的诊断措施基因疫苗和淋巴疗法也是不同的抽血貌似一样一个细胞水平一个是分子水平。
中医认为本病多属肾气不足冲任不固所致宜在未孕之前补肾健脾固气养血进行调治，具体的方药可用补肾固冲丸每次6-10克一日三次月经期停服以2个月为一个疗程可服1-3个疗程。
对于子宫内口松弛所致之妊娠晚期习惯性流产一般在孕前做宫颈埋箍术治疗维持妊娠至后期甚至足月。