1、内科治疗：目前先心病除早产儿的动脉导管未闭，早期通过药物治疗有可能治愈，小的肌部或膜部室间隔缺损、小的房间隔缺损有可能自愈外，其它病种通过打针、吃药均是不可能治愈的。内科药物治疗只能暂时控止心衰、降低肺动脉压，作为术前的一种短期治疗。
2、介入治疗：介入治疗是动脉导管未闭、房间隔缺损、室间隔缺损、肺动脉狭窄的首选治疗方法，但部分患儿仍需传统手术。
3、手术治疗：目前几乎所有的先心病都能进行手术治疗(姑息或根治术)。不同的病种手术时机不同。严重病人有的必须在生后急诊手术，常患呼吸道感染、反复肺炎、心力衰竭者，尤为药物不能控制的患儿，应及早手术。理论上讲先心病患儿年龄>2岁肺血管床均发生了器质性改变，应在此前手术。但疾病较轻，对生长发育影响不大的患儿，可每半至一年随诊检查一次，以便掌握最佳手术时机。
4、镶嵌治疗：是外科手术与介入手术相结合的一种治疗方法，镶嵌治疗可简化以往复杂的手术方法及解决以往单一方法无法治疗的复杂病例。