目前对本症尚无有效预防方法。为降低发生率，预防应从孕前贯穿至产前出生，如：
1、婚前体检，预防出生缺陷率。作用大小取决于检查项目和内容，主要包括血清学检查(如乙肝病毒、梅毒螺旋体、艾滋病病毒)、生殖系统检查(如筛查宫颈炎症)、普通体检(如血压、心电图)以及询问疾病家族史、个人既往病史等，做好遗传病咨询工作。
2、孕妇尽可能避免危害因素，包括远离烟雾、酒精、药物、辐射、农药、噪音、挥发性有害气体、有毒有害重金属等。妊娠期产前保健的过程中进行系统的出生缺陷筛查，包括定期的超声检查、血清学筛查等，必要时还要进行染色体检查。一旦出现异常结果，需要明确是否要终止妊娠。胎儿宫内的安危、出生后是否有后遗症，是否可治疗，预后效果如何等等。采取切实可行的诊治措施。
3、改善环境，本症与环境污染、农作物大量使用化肥和促生长剂有一定的关系，尿道下裂在欧美报道有上升之势，国家应下加强治理和防止环境污染问题。