囊性脊柱裂几乎均须手术治疗。如囊壁极薄或已破，须紧急或提前手术，其他病例以生后1～3个月内手术较好，以防止囊壁破裂，病变加重。如果囊壁厚，为减少手术死亡率，患儿也可年长后(1岁半后)手术。手术目的是切除膨出囊壁，松解脊髓和神经根粘连，将膨出神经组织回纳入椎管，修补软组织缺损，避免神经组织遭到持性牵扯而加重症状。对脊膜开口不能直接缝合时，则应翻转背筋膜进行修补。包扎力求严密，并在术后及拆除缝线后2～3日内采用俯卧或侧卧位，以防大小便浸湿，污染切口。
1.显性脊柱裂
(1)单纯脊膜膨出或神经症状轻微的类型
应尽早施术。如因全身情况等原因推迟施术时，应对局部加以保护，尤其是对脊髓外露者，应防止感染。
(2)手术原则
是将后突的脊髓或神经根放归椎管(先分离松解四周的粘连)，之后切除多余的硬膜囊及修补椎板缺损处(植骨等)。
(3)因脊髓神经发育不全所引起的下肢症状
可在修补术后选择相应的矫形术或矫形支具治疗，亦可同时进行。
2.隐性脊柱裂
(1)一般病例
99%以上的病例勿需治疗，但应进行医学知识普及教育，以消除患者的紧张情绪及不良心理状态。
(2)症状轻微者
应强调腰背肌(或腹肌)锻炼。以增强腰椎局部的内在平衡。
(3)症状严重并已影响正常工作、生活者
应先做进一步检查，确定有无合并腰椎椎管或根管狭窄症、腰椎间盘脱(突)出症及椎弓断裂等。对伴发者，应以治疗后者为主，包括手术疗法。
(4)浮棘症者
不应轻易施术，单纯的浮棘切除术早期疗效多欠满意，主要是由于浮棘下方达深部的纤维组织多与硬膜囊粘连，此常是引起症状的原因，而企图切除此粘连组织多较困难，应慎重。一般在切除浮棘的同时，将黄韧带切开并翻向两侧。
(5)吻棘症
可行手术将棘突尖部截除之。
对于长期排尿失常或夜间遗尿或持续神经系统症状加重的隐性脊柱裂，仔细检查后，应予以相应的手术治疗。手术的目的是切除压迫神经根的纤维和脂肪组织。
对于出生时双下肢已完全瘫痪及大小便失禁，或尚伴有明显脑积水的脊髓脊膜膨出，手术后通常难以恢复正常。甚至加重症状或发生其他并发症。
(二)预后
显示脊柱裂脑脊膜膨出囊内常有神经根及脊髓受压，因此可有运动及感觉方面障碍，预后欠佳。而隐性脊柱裂，一般预后较好。