手术切除是惟一有效的治疗方法。以往考虑到该肿瘤将随着骺板闭合会停止生长，而且恶变率极低(单发性在0.5%～1%，多发性为2%左右)，多主张出现局部疼痛、妨碍关节活动或压迫血管、神经和脏器时，才是手术切除的指征。目前，普遍提倡单发性骨软骨瘤一经确诊，就应择期手术切除。
由于多发性骨软骨瘤病变数目多，难以一次手术切除。而采取数次或数十次手术切除肿瘤，病人难以接受，所以，只能选择性地切除那些有症状或妨碍关节运动和伴发肢体畸形的骨软骨瘤。肢体畸形的矫形手术可视其复杂程度，可与肿瘤切除术一期完成，或分期手术。
瘤体压迫神经，血管或影响关节活动，以及蒂部外伤发生骨折的，均有手术切除的指征。当然无明显症状的，也不禁忌手术。手术的重点是尽量从基底切除而不要剥离局部覆盖的骨膜。软骨帽和骨膜要一并切除，以免肿瘤复发。同时注意防止损伤骺板。