良性骨肿瘤或瘤样病变以手术刮除或切除为主。手术力求彻底，以免复发，但应尽量保留肢体功能。对于恶性肿瘤则应以抢救生命为主，只有在不降低生存率的前提下，才可考虑保留肢体的问题。目前常用的手术方法有刮除术、切除术、截除术、截肢术。
刮除术是将包含肿瘤的骨壁切开，将其中的肿瘤组织刮除干净。本手术适用于良性骨肿瘤，如内生软骨瘤、骨囊肿、骨嗜伊红肉芽肿和部分骨巨细胞瘤。肿瘤刮除后所遗留的空腔需要充填，常用的骨科填充材料有骨水泥、自体骨、异体骨、人工骨等。填充后为防止骨折，需要用钢板、髓内针等内固定。
切除术是将向骨外突出生长的肿瘤自其基底部切除的手术，主要适用于骨软骨瘤。
截除术是将肿瘤所在的一段骨干乃至关节整段切除。适用于破坏范围较大的骨巨细胞瘤和恶性的肿瘤如骨肉瘤、纤维肉瘤、软骨肉瘤等。骨干截除后所遗留的缺损有的不需修补如腓骨近端和尺骨远端，大多数则需要用人工假体、异体骨或自体骨进行重建。
恶性肿瘤行保肢术复发率较高，从而影响生命，或者所保留的肢体功能差，比不上假肢时可以选择截肢。