生殖道衣原体感染的治疗原则是
①早期诊断、早期治疗;②及时、足量、规则治疗;③不同病情采用不同的治疗方案;④同时治疗性伴。对于成人和青少年患者，可使用四环
素类药物(如多西环素、米诺环素、四环素等)、大环内酯类药物(如阿奇霉素、红霉素、琥乙红霉素、罗红霉素、克拉霉素等)和喹诺酮类药物(如氧氟沙星、左氧氟沙星等)等药物治疗，疗程为1～2周。
对于妊娠期患者，可使用红霉素、琥乙红霉素、阿齐霉素治疗，疗程为1～2周。孕妇禁用四环素类和喹诺酮类药物。这些药物治疗生殖道衣原体感染的治愈率多在90%以上。
当治疗结束后，病人的自觉症状消失，检查男性病人无尿道分泌物，尿沉渣无白细胞，女性病人宫颈黏液脓性分泌物消失，则可认为临床治愈。在判断是否痊愈时，一般不作病原体检查。生殖道衣原体感染经及时正规治疗后，多能治愈，无任何后遗症。如病人经正规治疗但症状持续存在，或症状消失后又出现，最可能的原因是其性伴未经治疗，发生再感染，或是存在引起尿道炎或宫颈炎的其他原因或病原体(真菌、病毒、支原体等)感染，应到医院复诊以查明原因。
要强调的是，治疗性伴是治疗衣原体感染的重要组成部分，对性伴进行治疗可降低衣原体感染的复发率。此外，沙眼衣原体尚未出现对抗生素的明显耐药性，因此病人在接受治疗时，不必担心衣原体耐药的问题。