丙肝的抗病毒治疗主要依靠干扰素。目前，长效干扰素PEG-IFNα联合应用利巴韦林是慢性丙型肝炎治疗的标准方案。儿童是丙型肝炎的易感人群之一。将干扰素应用于儿童的丙肝治疗时，需要注意一些严重的不良反应，谨慎用药。
骨髓抑制
长期应用干扰素治疗会抑制丙肝患者的骨髓造血功能，使得血液中血小板以及白细胞数目减少，引发造血异常病症。所以，应用干扰素治疗小儿丙肝时，需要严密观察血象变化。当白细胞计数<3.0×109/L，中性粒细胞计数<1.5×109/L，或血小板计数<40×109/L时，需停药，并对症治疗，注意出血倾向。血象恢复后可重新开始干扰素治疗，但仍需密切观察。
骨骼发育受限
儿科研究丙型肝炎(PEDS-C)试验的随访研究表明，用聚乙二醇干扰素α治疗儿童丙型肝炎，会使患儿的身高，体重，身体质量指数(BMI)有明显改变。这可能与长效干扰素造成的生长激素分泌不足有关。所以尽量不要使用长效干扰素治疗小儿丙肝，如果不得已使用的话，一定要控制用药量。
诱发其他疾病
应用干扰素可诱发心律不齐、心肌缺血等心脏病，需要定期为接受治疗的患儿检查心电图。同时，干扰素还可引起抑郁、焦虑等精神障碍，当发现患儿出现情绪改变时，需要及时进行心理测试，给予心理治疗。若出现严重精神症状，需要立刻停用干扰素，积极治疗精神病。
因此，儿童在治疗丙肝时，家长应该谨慎用药。