上呼吸道、口腔的感染灶必须加以根治。口腔手术时，应将分泌物尽量吸出。昏迷或全身麻醉患者，应加强护理，预防肺部感染。早期和彻底治疗是根治肺脓肿的关键。治疗原则为抗炎和引流。
1、内科治疗
(1)急性期主要应用抗生素治疗，根据痰培养及药敏试验选择药物。可静脉注射或应用介入放射学的方法脓腔局部给药。效果很好用药剂量要够大，疗程在1～2个月，一定要持续到临床症状完全消失，胸部X线检查见脓腔及炎症完全消失，仅留下少量纤维索条阴影。如好转慢，要考虑耐药菌的问题，反复痰培养及药敏试验，更换适当药物。
(2)体位引流：及时把脓腔脓液排出，可明显减轻中毒症状。根据脓的多少，每天体位排脓数次，每次15～30min，根据病变所在部位采取适当的体位，也可进行纤支镜检查明确脓的来源。体位引流可与雾化吸入疗法结合进行，大咯血者暂不宜体位引流，因有导致再咯血的危险。
(3)对症及支持疗法：应用支气管解痉剂、祛痰剂等，增加营养，必要时输血，特别在有明显贫血及准备手术前。
经过内科治疗后大部分急性病人可以痊愈，2～3个月后不愈者转为慢性后考虑手术治疗。
2、外科治疗
肺脓肿的外科治疗是行肺切除。肺脓肿的肺切除术前需要精心准备，才能降低并发症率及死亡率。①术前应用有效抗生素控制肺部炎症，痰量最好能减少至50ml左右(实际上不少病人做不到)，由脓性变为稀白痰。术前除急症手术外，最好治至中毒症状消失，体温、脉搏稳定。②对贫血、血浆蛋白低的间断输血，给高蛋白、富维生素饮食。③体位排痰。④准备足够的血源，一般需2000～3000ml。
手术适应证的选择：①药物治疗2～3个月后仍痰多、咯血、反复急性感染。胸部X线检查见有不可逆病变，如>2cm的厚壁空洞、大块炎症、纤维化、广泛支气管扩张、因支气管狭窄所致的肺不张及张力性空洞等。②并发脓胸、支气管胸膜瘘、食管瘘，或有反复气胸。③不能除外肺癌。④大咯血或中毒症状无法控制，但对年老体弱或危险性大的病人，目前在药物控制下，不一定要冒风险做手术。