卡氏肺囊虫肺炎是AIDS病患者最常见的肺部并发症，亦可发生在免疫功能低下婴幼儿，或因应用免疫抑制剂治疗的癌症或肾移植患者。卡氏肺囊虫是一种低毒力的条件致病性原虫。对其生活史尚未完全阐明，该原虫有包囊及滋养体两种形态。一般认为小滋养体为单核薄壁细胞，在肺泡腔内体积逐渐增大，以后胞壁增厚，细胞分裂成两个子包囊。成熟的包囊中常含多个虫体，包囊囊壁破裂虫体进入肺泡腔又形成活动的薄壁滋养体。
卡氏肺囊虫肺炎的治疗
本病死亡率高，但早期治疗反应较好，多数可以得到恢复，故关键在于早期诊断和治疗。
支持疗法包括肌注丙种球蛋白或胎盘球蛋白，可以增强免疫力。必要时吸氧。如在应用肾上腺皮质激素的过程中发生此病，则需减量或停药。为预防此病在高危患儿中交叉感染，最近主张执行呼吸道隔离，直至治疗结束。
1.一般治疗
说服或强制性戒酒、卧床休息。补充维生素类，加强营养支持治疗。患者应卧床休息，增加营养，纠正水电解质紊乱。纠正缺氧，经鼻或面罩给氧，FiO2<50%时，动脉血氧分压在9.32kPa(70mmHg)以上，严重缺氧者则采用辅助通气或体外膜氧。尽量减少免疫抑制剂的应用，但对严重弥漫性病变者，尤其是AIDS 患者则应短期使用糖皮质激素 如泼尼松龙40mg，6h 1 次，连用7 天。
2.对症治疗
治疗心力衰竭，处理心律失常。
3.在戒酒的同时，积极劝说戒烟，以改善预后
作病原治疗。以前常用戊烷脒100～150mg/(m2·d)或4～5mg/(kg·d)，肌注10～14天。亦可气雾吸入，早期应用此药，至少60%患儿可以治愈，但约半数患儿可出现较重的不良副作用如局部发生无菌性脓肿、皮疹、低血压、恶心、呕吐、眩晕、低血糖、低血钙、巨幼红细胞性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少及肝肾功能损害等。目前，首选药物为甲氧苄胺嘧啶(TMP)20mg/(kg·d)加磺胺甲基异噁唑(SMZ)100mg/(kg·d)，分2次服，连服2周，其疗效与戊烷脒相仿，但不良副作用远较少见，表现为皮肤过敏与胃肠道反应。亦有主张SMZCo100mg/(kg·d)周，后减为半量再用二周，后再减为1/4量连用2月，有效率达75%，此药可作为化学预防剂，在应用免疫抑制剂的高危患儿中预防此病，其剂量为TMP5mg/(kg·d)和SMZ25mg/(kg·d)，皆分2次口服或每周连服3天，停4天，连用6个月。