中医认为小儿便秘病位在大肠，病机在脾和肝。《素问·灵兰秘典论篇》曰：“大肠者，传道之官，变化出焉。”故粪便的排出与大肠功能关系密切。《诸病源候论·小儿杂病诸候论》曰：“小儿便不通者，脏腑有热，乘于大肠故也。”
根据小儿“肝常有余，脾常不足”、“肺脏娇嫩”的生理特点，治疗小儿便秘应补其不足、泻其有余，临床宜攻补兼施，以健脾行气通便为治则，可采用口服中药汤剂或推拿手法进行治疗。
中药治疗
予以枳术丸合柴胡疏肝散加减：药用生白术10～20克，枳壳6～10克，陈皮10克，党参10克，当归10克，香附l0克，白芍10克，生麦芽10克，柴胡6克，冬瓜仁10克，郁李仁10克，火麻仁10克，甘草6克。
方中党参、白术健脾益气;陈皮、枳壳健脾助运;香附、生麦芽、柴胡疏肝解郁;当归、白芍和血润肠;大便不畅、久留肠腑、大肠津亏，则易燥结，故加冬瓜仁、郁李仁、火麻仁润燥通便;甘草调和诸药。本病为因滞而燥，因燥更加重了滞，非直接因燥而导致便秘，故治疗重点在于健脾疏肝、调畅气机，再佐以润燥之品，诸药合用，使脾气得健，肝气得舒，大便得通。
推拿治疗
对于服药困难或不愿服药的患儿，采用推拿手法也能取得较好疗效。便秘有虚实之分，推拿手法也有补泻之别。
以脾虚为主的患儿，多见面色白而无华，形疲乏力，大便努挣难下，便质不干，舌淡苔薄，指纹色淡。治宜益气养血，开塞通便。主要采用以下手法：
1.补脾：脾经位于拇指桡侧缘。操作时，由指根尖推向指根300次。能调理脾胃，加强脾胃运化功能;
2.推三关：位于前臂桡侧，太渊穴至曲池穴成一直线。操作时，自下向上推100～500次。具有温里散寒、温补气血之功效，适用于各种虚证，如身体虚弱、神疲气怯、面色无华等;
3.捏脊：从第一胸椎至尾椎，由下往上捏30遍。可调阴阳、理气血、和脏腑、通经络，凡脾胃虚弱之证，均可用之;
以肝实为主的患儿，症见大便干结，便质干硬，形似颗粒，面赤身热，口臭，唇赤，小便黄，胸胁痞满，纳食减少，腹部胀，苔黄厚，指纹色紫。治宜顺气行滞，清润通便。主要采用以下手法：
1.清大肠：大肠穴位于食指桡侧缘。操作时由虎口推向指尖，100～300次。能治疗湿热、饮食、痰饮等停积肠道、气机受阻之便秘、腹中灼痛等;
2.退六腑：六腑位于前臂尺侧缘，神门穴至肘成一直线。操作时，以中食指指腹，自肘关节推至掌根，100～500次。能通腑泻热，滑肠泻下，用于阳明腑实之痞满燥实坚;
3.补肾水：位于小指螺纹面。操作时，自小指根推至小指尖100次。有补肾固本，清热利尿之功效;
4.泻肝火：找准血海穴(双膝内侧)用双手拇指按摩40次左右;
此外，家长要改变患儿不正确的饮食习惯、生活习惯，比如尽量选择母乳喂养，选用适合中国儿童的配方奶粉，正常饮食，少吃零食，帮助孩子养成定时排大便的习惯等。