痛经的治疗原则要以调理气血为主。治疗分两个阶段进行，月经期行气和血止痛以治其标，由通着手，虚则补而通之，实则泻而通之;平时审证求因以治本，以调为法，调气和血，调理冲任。同时还应兼顾素体情况，或调肝、或益肾、或扶脾，使之气顺血和，冲任流通，经血畅行则无痛虑。
一、继发性痛经药物治疗：
子宫内膜异位症引起的痛经可首选非甾体抗炎药或口服避孕药，疗程一般不少于六个月，用法同原发性痛经。如果疗效不佳，可改用促性腺激素释放激素类似物治疗，每次皮下或肌肉注射一针，每四周注射一次，疗程为六个月。如患者暂时无生育要求且不宜长期口服药物时，可选择宫内放置左炔诺孕酮宫内缓释系统(又称曼月乐，一种宫内节育器)，或缓释孕激素的阴道环，既达到减轻痛经的目的，又可明显减少月经量。如患者有生育要求，且盆腔内有较大的子宫内膜异位囊肿，应首选腹腔镜下的微创手术治疗。
二、继发性痛经手术治疗：
手术切除子宫通常是治疗子宫腺肌症最彻底的方法，但对于有生育要求或要求保留子宫的患者，应首选促性腺激素释放激素类似物治疗，疗程同前。如患者暂无生育要求，子宫腔内放置左炔诺孕酮宫内缓释系统，或阴道使用缓释药物应是首选方法。口服避孕药也可选用，但一般不作为首选的治疗药物。子宫腺肌症也可以通过子宫动脉栓塞术以达到减轻痛经、减少月经量等目的。但由于其操作者需要非常丰富的临床经验，治疗费用昂贵，所以目前不推广应用。
中医学认为痛经的发生与素体及经期、经期前后特殊的生理环境有关。非行经期间，冲任气血平和，致病因素不能引起冲任、胞宫瘀滞或不足，故不发生疼痛，而在经期或经期前后，血海由满盈而泻溢，胞宫气血由气盛血旺至经后暂虚，气血变化急骤，致病因素乖时而作，使气血运行不畅，胞宫经血流通受阻，以致“不通则痛”;或致冲任胞宫失于儒养，“不荣而痛”。其机理有寒、热、虚、实之分，以实证为多。常见证型：气滞血瘀、寒凝血瘀、湿热瘀互结、气血虚弱、肝肾不足等。
温馨提示：继发性痛经的治疗则要先区分病因，对因和对症治疗并进。如果对顽固的原发性痛经一忍再忍，将来有一部分人可能发展为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症合并不孕不育的发生率相当高。