正确诊断AIH需要详细了解本病的临床特征并除外与其相似的其他疾病。交界性肝炎和门脉浆细胞浸润是本病的组织学特征，然而，上述组织学发现并非AIH必须具备的，没有门脉浆细胞浸润并不能除外AIH的诊断。所有拟诊 AIH的患者必须彻底除外遗传性疾病(Wilson病、α1-胰蛋白酶缺乏症和遗传性血色病)、感染性疾病(甲型肝炎、乙型肝炎及丙型肝炎等)和药物性肝脏损害(米诺霉素、呋喃坦啶、异烟肼、丙硫氧嘧啶和α甲基多巴等所致)。这些疾病中有些会伴有自身免疫现象，最易与AIH相混淆，如Wilson病、药物性肝脏损害和慢性病毒性肝炎特别是慢性丙型肝炎。
一、AIH的亚型
根据AIH患者血清自身免疫标志物检测结果可将其分为三种亚型。但是，每种亚型并不代表其具有独特的发病机制，或者提示对糖皮质激素治疗有特别的反应，而且国际自身免疫性肝炎团体 (International Autoimmune Hepatitis Group,IAIHG)至今尚未认可这些亚型分类具有临床意义。
I型AIH是本病最常见的类型，其特点是伴有ANA和SMA阳性。该型AIH可在任何年龄发病，在北欧高加索人和北美患者中，伴随出现HLADR3 (DRB1*0301)和DR4(DRBI*0401)。DR3和DR4影响决定疾病的临床表现及易感性。I 型AIH的高加索患者及DRB1*0301患者的年龄较轻青，糖皮质激素治疗无效比例高，药物治疗撤除后易复发，比其他等位基因的患者更需要接受肝脏移植。相反，具有DRB1*0401的AIH患者年龄较大，常同时伴有其他自身免疫性疾病，比DRBI*0301的AIH患者对糖皮质激素治疗反应为佳。 HLA表型与临床的关联并不影响I 型AIH的诊断与治疗。HLA II类分子在临床上并未常规检测。
II型AIH以肝肾微粒体抗体 (抗LKM1)为特征，欧洲及南美洲某些国家比在美国更常见，其易感性可能与DRB1*0701有关。有关II型AIH的预后比 I型更差的早期观念并未得到证实。此两者对糖皮质激素治疗均有良好反应。 I型AIH患者中常见的自身抗体pANCA未能在II型AIH患者中被检测到。已经明确存在一种独特的抗LKM1阳性的AIH，这是一种可以改变自身反应 T淋巴细胞胸腺嘧啶缺失的染色体21q22.3单基因缺陷性疾病，被称为自身免疫性多发性内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良(autoimmune -polyendocrinopathy-candidiasis-ectodermal dystrophy,APECED)。APECED是以出现外胚层营养不良、黏膜皮肤念珠菌病、多发性内分泌腺(甲状旁腺、肾上腺、卵巢)功能衰竭、产生自身抗体及多种临床表现AIH为特征。与其他自身免疫性疾病不同，APECED有孟德尔式的遗传形式，而无HLADR关联，亦无女性发病优势特征。伴有 APECED患及AIH的患者有特殊的进展性肝脏疾病，对标准的免疫抑制剂治疗反应不佳。
III型AIH是最后被确定的一种类型，它以血清中出现自身抗体抗SLA/LP为特征表现，患者在临床表现、实验室检查方面与I 型AIH无法区分，对糖皮质激素治疗反应良好。
二、与AIH相关的自身抗体
1、抗可溶性肝抗原抗体(anti-soluble liver antigen antibody, SLA)
是III型自身免疫性肝炎的标志性抗体。过去认为SLA的靶抗原是肝细胞角质素8和细胞角质素18，至到2000年采用分子生物学技术克隆出 SLA靶抗原的cDNA序列，才完全否定了过去的观点。现认为SLA抗原是肝细胞浆内一种可溶性的蛋白分子，其生理功能不明。SLA抗体是自身免疫性肝炎中唯一特异的自身抗体，仅见于III型自身免疫性肝炎。
2、抗线粒体抗体(mitochondria autoantibodies, III)
是原发性胆汁性肝硬化(primary biliary cirrhosis, PBC)特异且敏感的诊断指标，阳性率达95%。但在一部分慢性肝炎(包括慢性病毒性肝炎和自身免疫性肝炎)中也出现III，并且这些自身抗体的靶抗原分子也与PBC患者相似。有人认为这可能是PBC和慢性肝炎重叠的缘故。
3、抗平滑肌抗体(smooth muscle autoantibody,SMA)
自身免疫性肝炎可出现高滴度的抗平滑肌抗体(SMA)，常与抗核抗体同时出现，为I型自身免疫性肝炎的血清标志物，有时也是这类肝炎的唯一血清学指标。在自身免疫性肝炎中，抗平滑肌抗体的主要靶抗原为F-肌动蛋白，与肝细胞浆膜有密切的关系。
4、抗肝肾微粒体抗体-1 (liver/kidney microsomal autoantibody I,LKM-1)
是II型自身免疫性肝炎的标志性抗体，在诊断及其鉴别诊断中起着非常重要的作用。随着分子生物学技术的发展为鉴定自身免疫性疾病的自身靶抗原提供了非常有用的实验手段。经DNA重组技术发现，LKM抗体有三型， LKM-1：靶抗原是细胞色素P450 IID6，是一种药物代谢酶，可代谢25种常用的药物，包括β-阻断剂、抗心律失常药、抗忧郁药、抗高血压药物等等。除了II型自身免疫肝炎外，少数丙型肝炎患者血清中也可出现LKM-1。LKM-2：靶抗原是细胞色素P450 IIC9,也是药物代谢酶，可见于利尿药物诱导的药物性肝炎。LKM-3：靶抗原可能是UDP-葡萄糖醛酸基转移酶，约10%的丁型肝炎患者血清中LKM -3阳性，抗可溶性肝抗原抗体。
5、抗核抗体
(antinuclear antibodies,ANA) 是慢性肝病中第一个被测出的自身抗体，与I型自身免疫性肝炎相关。目前将抗核抗体和/或抗平滑肌抗体作为I型自身免疫性肝炎的标志性抗体，但约有20% ～30%的I型患者上述抗体阴性。抗核抗体有多种，包括抗核仁、核浆内蛋白及核膜型等等。至今这类肝炎到底与哪种抗核抗体有关还不清楚。此外血清中抗核抗体阳性的疾病很多,如全身性系统性红斑狼疮(SLE),药物(抗心律不齐药普鲁卡因酰胺,降压药如肼苯达嗪,治癫痫药乙内酰脲,抗甲状腺药物硫脲嘧啶等) 所引起的狼疮以及重叠综合征、混合性结缔组织病(MCTD)、全身性硬皮病、皮肌炎、干燥综合征、类风湿性关节炎以及桥本甲状腺炎、重症肌无力等。
6、其它抗体
除上述抗体外，自身免疫性肝炎患者血清中还可出现其它自身抗体，如抗肝细胞膜脂蛋白特异性抗体、抗去唾液酸糖蛋白抗体、抗中性粒细胞胞浆抗体 (perinuclear staining antineutrophil cytoplasmic antibodies,pANCA)、抗细胞骨架蛋白抗体等等。前两种抗体也是自身免疫性肝炎的特异性抗体，并且与自身免疫性肝炎发病密切相关，但是检测技术较复杂，目前临床实验室尚未广泛开展。