没有单一的检查能明确诊断自身免疫性肝炎，但多种方法联合能为正确诊断提供依据。为正确诊断自身免疫性肝炎，排除慢性肝炎的其他病因是最重要的，必不可少的，如病毒性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、血色病、饮酒过度，以及药物引起包括中草药制剂引起的肝脏疾病。
与其他肝脏疾病比较，如慢性丙型肝炎或血色病，自身免疫性肝炎的肝功检查指标的升高水平、症状的严重程度经常(尽管不全是这样)与肝脏的破坏和炎症程度相关。很多病人治疗后症状明显好转以及肝功检查指标恢复正常可以有效地证明或是肯定自身免疫性肝炎的诊断。但当肝功检查指标、自身免疫的血液检测、基因标志物、肝脏活检这些检查结果一起评估时，通常用来确定自身免疫性肝炎的诊断。
肝脏功能检查
有代表性的是，大部分病人转氨酶(AST和ALT)水平升高，GGTP和碱性磷酸酶(AP)的水平正常或者接近正常。如果碱性磷酸酶水平非常高，而转氨酶水平正常或者轻度的升高，那么就应该考虑自身免疫性肝炎以外的其他疾病。
在严重的自身免疫性肝炎病例，转氨酶的水平明显增高。转氨酶可以升至正常值的10~20倍。比如AST和ALT可以达到大约400~800IU/L，胆红素水平可达到大约1Omg/dl。病情较轻的病例的肝功指标只是轻度升高，大约在60~200IU/L，胆红素水平是正常的。鉴于在上述的任何一种情况下，肝功指标都是升高的，所以还应对病人做其他对自身免疫性肝炎更特异的血液检查。
特异性的自身免疫血液检查
特异性的自身免疫的血液检查包括免疫球蛋白水平检测，尤其是γ球蛋白水平和IgG水平升高超过正常上限的2倍高度提示为自身免疫性肝炎。另外，抗核抗体(ANA)和抗平滑肌抗体(SMA)的有无，以及抗肝肾微粒体自身抗体(anti-LKMAb)必须检测。如前所述，这些抗体都被认为是自身抗体。
自身免疫性肝病
自身抗体并不会引起自身免疫性肝炎。但是患自身免疫性肝炎的机体产生很多典型的自身抗体，ANA和SMA最为常见，被认为是自身免疫性肝炎的“标志物”。但它们对于自身免疫性肝炎并不特异。这意味着它们在除自身免疫性肝炎之外的其他肝病及其他器官的疾病中也出现。接近54%的自身免疫性肝炎患者血中同时存在ANA和SMA。其余的患者有这些自身抗体中的一种，而非两种。13%的自身免疫性肝炎中ANA可以单独作为标志物出现，SMA单独作为标志物出现的概率为33%。两种自身抗体的同时存在并非诊断自身免疫性肝炎所必需。事实上，有人可能没有所有这些自身抗体，但仍患有自身免疫性肝炎。这种情况发生在10~20%患有自身免疫性肝炎的人群中。这些人被认为患有自身抗体阴性的自身免疫性肝炎(Ⅲ型自身免疫性肝炎)。