生殖器疱疹有自限性，约1-2周即可自愈。治疗的目的是防止下次复发。本病目前尚无特效药物，治疗原则为缩短病程，防止继发感染，减少复发。
1.局部疗法：原则为干燥、收敛、保护患部，防止继发感染。可外涂2%龙胆紫溶液，或选用10%次没食子酸铋(代马妥dermatol)、氧化锌油膏或泥膏、紫草生地榆油膏、0.5%新霉素软膏、或0.25%~0.1%疱疹净(IDU)软膏、5%疱疹净二甲基亚砜溶液(用于皮肤疱疹)等。对颜面部者亦可用10%醋酸铝或锌铜合剂。
2.全身治疗：治疗原则其一使感染的HSV不能活化，甚至消灭病毒;其二调节免疫，防止再发，可用阿昔洛韦静滴或口服，丽珠威口服，干扰素肌注，白细胞介素Ⅱ肌注。我们在治疗复发性生殖器疱疹时，使用四医大生物技术中心产的干扰素300万单位肌注，每日一次，10次为一疗程，共三个疗程，适当配合使用白细胞介素Ⅱ或利百多或灵杆菌素，95%的病人不复发。