多数患者初发感染症状，常在接触疱疹病毒感染后2-12天，除了特征性的生殖器局部症状外，还可有发热、头痛、全身不适、淋巴结肿大等一系列全身症状。而复发与初发相比，一般时间短、病情轻。大多数情况下，多数患者的复发大约每年4次，但是也有少数患者会频繁复发。疱疹复发之前，通常有局部刺痒、烧灼感或疼痛等先兆症状。值得注意的是，有高达60%的生殖器HSV感染者可不出现疱疹的体征，但却仍然具有传染性。疱疹的复发程度与个体差异有关，而疲劳、酗酒、免疫力低下、长期的精神紧张等因素有助于生殖器疱疹的频繁复发。
复发性生殖器疱疹的治疗应该以抗病毒治疗为主。抗病毒药物能阻止病毒在人体的复制、加速感染部位的愈合、缩短病程、减少复发次数。临床上的抗病毒治疗通常以口服药为主。
局部感染的疼痛可以通过盐水浴、冷水浴、大量饮水、口服阿司匹林、外用利多卡因乳膏等方法加以缓解。此外，还可以辅以胸腺肽、干扰素等药物;多吃菇类食物(目前许多增强免疫力的药物都是从菇类植物中提取的);劳逸结合;避免酗酒和精神焦虑紧张;内裤最好穿宽松棉质的。