中医认为是湿热毒邪感染所致。现代医学指出，主要通过性器官接触而传染，病人和无症状的带病毒者是主要的传染源。病毒主要存在于女性的子宫颈口、阴道、外阴口和尿道;男性阴茎和尿道口。其传染性较强，与患阴茎疱疹的男性发生一次性接触的妇女，约有半数可以发病，引起女性不孕、流产或新生儿死亡。现在，许多学者认为，生殖器疱疹可能与子宫颈癌、阴茎癌的发生有密切关系。
生殖器疱疹临床表现中可分为原发和复发两种。原发指首次感染病毒，一般从接触到发病约2～10天，也就是潜伏期。患病部位先有烧灼感，很快在红斑基础上发生3～10个成群的红色丘疹，伴有瘙痒，丘疹很快变成小水疱，3～5天后变为脓疱，破溃后形成大片的糜烂和溃疡，自觉疼痛，最后结痂愈合。整个病程可持续20天左右。在男性好发于龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和臂部等处。女性好发于阴唇、阴阜、阴蒂、肛周或阴道。
第一次发生生殖器疱疹后，经过一定的治疗或未经治疗，患者会逐渐好转，疱疹消退。但此时并不能说明生殖器疱疹已经痊愈，几乎100%的患者会出现复发性生殖器疱疹。这是由于生殖器疱疹病毒潜伏于局部粘膜引起的，复发性生殖器疱疹多在原发疹后1～4月内复发。诱因可能是发烧，来月经、性交以及消化不良。复发后一般均在原处，全身症状轻，病程较短，表皮损害约10天左右消退。
中医将生殖器疱疹的表现分为三种证型，分别给予治疗：
1、湿热下注型：生殖器部位水疱成簇，周边有红晕，或有糜烂，有轻痒，可见小便黄赤，口苦，口渴，舌红苔黄腻，脉弦滑。这是由于素日喜肥甘厚味，湿热之邪下注肝经所致。
治法：宜清热利湿。
方药常以龙胆泻肝汤加减： 龙胆草10克、山栀10克、黄芩10克、柴胡10克、车前子10克、生地10克、当归10克、木通10克、生甘草10克。方中龙胆草清泻肝经湿热;山栀、黄芩、柴胡配合龙胆草清肝利胆;车前子、木通清热利湿;生地、当归凉血活血;生甘草调和诸药。
2、毒热蕴结型：见阴部疱疹大而红，局部肿胀，疼痛明显，腹股沟淋巴结肿大，或有低热，排尿困难，舌红绛，脉滑数。这是由于不洁性交，外染淫毒，毒热结聚阴部所致。
治法：宜清热解毒。
常以方药为清毒神圣汤加减： 金银花30克、天花粉30克、蒲公英30克、当归15克、生甘草10克、板蓝根30克、方中金银花清热解毒为主药;天花粉排毒驱腐;蒲公英、板蓝根配合主药加强治疗作用;当归、生甘草养血活血，调和诸药。
3、肾气不足型：常见于复发性阴部疱疹，疱疹干涸较小，无自觉症状，但经常复发。这是由于肾气不足，淫毒之邪未尽所致，由于肾气不足故多伴有腰膝酸软，浑身乏力。
治法：以补肾为主，佐以解毒除湿。
常用方药为六味地黄丸加减： 生熟地各10克、山药15克、山萸肉10克、枸杞子10克、茯苓15克、泽泻10克、丹皮10克、板蓝根10克、方中生熟地滋补肾阴;山药、山萸肉、枸杞子滋补肝脾肾三阴;茯苓、泽泻、丹皮乃补中有泻;板蓝根清泻余毒。
单方验方：
1、紫草、生地榆，研细末，加适量氧化锌油调搽。
2、1096樟脑， 5%硫磺炉甘石水粉剂，外搽。
3、板兰根30克，大青叶30克，煎水服，每日一剂。
其他疗法
疱疹病毒复制时需要精氨酸，相反赖氨酸可以防止发作。应避免富含精氨酸的食物如：花生、坚果及巧克力。富含赖氨酸的食物有：牛肉，羊肉，鱼，牛奶及奶酪。病人也可每日服1粒500毫克的赖氨酸胶囊以预防发作。一旦出现症状，可每4小时服用1000毫克;另外，维生素E可减轻疼痛并加速病变愈合。
穴位按摩可消除诱发本病的疲劳与紧张 。可以按摩肩部与脊柱连线中点的肩部肌肉最高点。可以一天作几次。
减轻精神压力，可以预防疱疹发作，减轻其严重程度。如沉思有助减轻紧张。
预防生殖器疱疹的发生要做到：
1、避免与发作期生殖器疱疹病人性接触，避孕套不能完全防止病毒的传播。
2、早期妊娠妇女患生殖器疱疹最好中止妊娠，晚期妊娠感染者宜做剖腹产。
3、保持局部卫生清洁。