子宫内膜异位症最常见的症状包括下腹痛、痛经、性交不适和不孕。
(1)不适
多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因病变导致子宫后固定的患者，一般表现为深部痛，月经来潮前疼痛更明显。
(2)不孕
内异症不孕率高达40%-50%。引起不孕的原因复杂，如盆腔环境的改变影响精子和卵子的结合;盆腔、输卵管、卵巢的粘连影响受精卵或胚胎的输送等。 (4)月经异常：
15%-30%的患者有月经量增多、经期延长或经前点滴出血，月经异常可能与病灶破坏卵巢组织, 影响卵巢功能有关。部分患者可能与同时合并有子宫腺肌病或子宫肌瘤有关。
(3)下腹痛和痛经
疼痛多位于下腹深部及直肠区域，以盆腔中部居多，也可以牵涉到盆腔两侧及骨盆壁。继发性痛经是内异症的典型症状，多随局部病变加重而逐渐加剧。常于月经开始出现，并持续整个月经期。而疼痛的程度与病灶的大小不一定成正比。
子宫内膜异位检查
(1)血液肿瘤相关指标检查
CA125、CA199，升高提示内异症活动，也是恶变的高危因素，一般不超过200IU/L。
(2)B超检查：B超是目前辅助诊断子宫内膜异位症的有效方法，主要用以观察卵巢巧克力囊肿，子宫腺肌症。
囊肿：囊性肿块或混合性肿块，边界清晰或不清。
囊内：可见颗粒状细小回声。有时因陈旧性血块浓缩机化而出现较密集的粗光点图象。
位置：肿块常位于子宫后侧，可见囊肿子宫粘连。
双侧：50%左右巧克力囊肿为双侧性。两侧囊肿因为粘连向中线靠拢，形成“对吻”。
(3)妇科检查
子宫：子宫体积增大、后位、活动受限，后壁可以触及结节。提示内在性子宫内膜异位症(子宫腺肌症)
盆底：骶韧带、子宫直肠窝、宫颈后壁常可触及硬性小结节，如绿豆或黄豆大小，多有明显触痛。易误为恶性肿瘤。
卵巢：囊肿常与周围粘连、固定，易误诊为附件炎块
(4)腹腔镜检查
标准：腹腔镜检查是目前诊断子宫内膜异位症的金标准，通过腹腔镜可直接窥视盆腔，见到异位病灶即可明确诊断，且可进行临床分期，以决定治疗方案，并同步予以手术治疗。
优点：诊断治疗同步完成。
缺点：手术创伤。