附睾畸形不影响生育时，无须治疗。节段性附睾闭锁可采取附睾管输精管吻合术进行治疗。在放大10～20倍手术显微镜下，选用Silber和Wagenknecht两种附睾输精管吻合方法。二者的主要区别是Silber法采用扩张的附睾管与输精管端端吻合，而Wagenknecht法则采用扩张的附睾管与输精管端侧吻合。切开扩张的附睾管，先接取附睾管断端流出的液体查找精子，确定存在精子后，用11-0无损伤尼龙线将附睾管与输精管黏膜吻合，一般间断缝合4～6针，然后用9-0无损伤尼龙线行附睾被膜与输精管肌层吻合。
附睾头囊肿可采取穿刺抽液注射硬化剂的治疗方法，但由于复发率较高，不如手术方法安全可靠，目前已较少使用。附睾缺如者本身无法治疗，主要解决生育问题，若患者睾丸生精功能正常，可行辅助生殖治疗。附睾畸形合并隐睾者，应及时行睾丸固定。