过敏性紫癜肾炎一般发生于过敏性紫癜发病后一个月左右，临床中应该与急性肾炎、系统性红斑狼疮、系统性血管炎、特发性血小板减少性紫癜、原发性IgA肾病、急腹症等疾病鉴别。
1、急性肾炎
急性肾炎血清C3多数下降，无皮疹、关节炎及肠绞痛表现，可通过皮肤活检及肾活检加以鉴别。
2、系统性红斑狼疮
系统性红斑狼疮累及肾脏时常以非侵蚀性关节炎、肾小球大量免疫复合物沉积、血清ANA、抗dsDNA 及抗Sm 抗体阳性为特征。
3、系统性血管炎
系统性血管炎血清抗中性粒细胞胞浆抗体常为阳性，临床常表现为急进性肾炎。
4、特发性血小板减少性紫癜
特发性血小板减少性紫癜患者往往血小板减少，皮肤、黏膜出血倾向，，骨髓巨核细胞代偿性增生，抗血小板抗体阳性。
5、原发性IgA肾病
少数过敏性紫癜肾炎患者早期仅有肾脏损害而无皮疹及肾外器官受累，类似原发性IgA肾病，但过敏性紫癜肾炎血管炎表现更为突出。
6、急腹症
腹型过敏性紫癜肾炎在紫癜出现之前，应与急性阑尾炎、出血性肠炎、肠穿孔、急性胰腺炎或肾结石等鉴别。