急性肾盂肾炎患者感染严重或者并发肾脏疾病、尿路感染时，应住院进行治疗，给予特殊治疗方法，以免延误病情，导致病情加重以及复发，病情较轻的患者可给予一般治疗，如卧床休息，静脉补液等。
急性肾盂肾炎的特殊治疗
病情较重的患者应住院治疗，并且应立即采集血、尿标本进行培养，确定致病菌后作抗生素敏感试验。确定致病菌前也应给予抗菌药物治疗，一般常选用一种氨基甙类加氨苄青霉素静脉给药。
若患者体内的致病菌对抗菌药物敏感，则可起到治疗效果，常继续治疗1周，然后改用适当的抗菌药物口服2周。治疗的同时应及早发现及治疗并发症，如尿路梗阻、结石感染等。
急性肾盂肾炎的一般治疗
病情较轻的患者症状消失前应卧床休息，疼痛发热和恶心等症状可用药物对症处理，同时患者应多喝水或静脉补液，以维持足够的体液和尿量。
另外，经过48小时~72小时治疗后病情仍无改善的患者，应作排泄性尿路造影检查，有禁忌症时则采用逆行尿路造影，否则并发于尿路梗阻的急性肾盂肾炎可引起菌血症以及严重的肾脏损害。